Существовала в 1763 - [1782] гг. Учреждена при Адмиралтейств-коллегий по именному указу от 17 ноября 1763 года. Членами первоначально были вице-Адмиралы С.И. Мордвинов, И.Г. Чернышев и Ф.С Милославский и контр-Адмирал Г.А. Спиридов. Должна была рассмотреть вопросы о реорганизации учреждений морского ведомства, развитии российского флота, предотвращении порчи корабельного леса при транспортировке и хранении, замене труда приписанных к Адмиралтейству людей трудом вольнонаемных, комплектовании флота "нижними служителями" и пр. В 1763-1767 гг. Екатерина II утвердила большое число докладов комиссии, в частности 3 декабря 1763 года доклад о преобразовании учреждений морского ведомства, а также разработанных ею штатов. В связи с письмом от имени цесаревича Павла Петровича, назначенного генерал-Адмиралом российских флотов, от 22 декабря 1763 года в 1763-1764 гг. комиссия рассматривала проект М.В. Ломоносова о проходе судов Северным Ледовитым океаном в Индию.
Наиболее поздние материалы, относящиеся к работе комиссии, датируются 1782 годом.
Синонимы: Комиссия российских флотов и Адмиралтейского правления; Комиссия о российских флотах; Морская российских флотов комиссия; Комиссия российских флотов.