В 1909-1912 гг. Образована по приказу министра путей сообщения от 27 февраля 1909 года в связи с пожеланием Государственной Думы, высказанным в 1908 и 1909 годах, о составлении классификации рек, искусственных водных систем и дорог по степени их экономического значения и разработке общего финансового и технического плана улучшения водных путей, устройства и содержания дорог с указанием последовательности осуществления намеченных планом работ.
Работала Комиссия под председателем проф. В.Е. Тимонова. Она изучала отдельные водные пути с учетом их судоходных качеств, возможности улучшения - судоходных условий этих путей, объёма возможных денежных затрат; возможность использования силы падения воды в судоходных плотинах для промышленных целей; экономику тех районов, где предполагались работы по совершенствованию водных путей.
Комиссия наметила методику постановки исследований и работ; положила начало организованным экономическим и техническим исследованиям внутренних водных путей; наметила схему развития сети внутренних водных путей на территории европейской части (пять) и Сибири (три); разработала план капитальных работ на пять лет (1912-1916 гг.) и "программу дальнейших действий по исследованию водных путей. Ее работа была одобрена съездами промышленников, судовладельцев и др. Комиссия выпустила более 70 трудов, которые многие годы служили пособиями для изыскателей и проектировщиков.
Деятельность Комиссии была прекращена в 1912 году, но на заседании финансовой комиссии Государственного Совета 16 февраля 1912 года начальник Управления внутренних водных путей и шоссейных дорог Министерства путей сообщения заявил, что работу ее предполагается возобновить после выполнения намеченных ею планов.
Источники: Тимонов В.Е. Общие сведения об обстоятельствах возникновения Междуведомственной комиссии для составления плана работ по улучшению и развитию водяных сообщений Империи и краткий обзор ее деятельности (1909-1912) // Журналы заседаний междуведомственной комиссии. Пг., 1915; Михайлов И. Эволюция рус. транспорта. 1913-1925. М.; Л., 1925; Бернштейн-Коган С.В. Внутр. водный транспорт. М., 1927. Вып. 1; Восстановление транспорта в России // Труды Транспортного комитета при Рос. Финансово-промышленно-торговом союзе в Париже. 1921-1923. Париж, б.г.; В.Е. Тимонов - выдающийся деятель отеч. гидротехники. М., 1959; Беляков АЛ. Внутр. водные пути России в правительственной политике кон. XIX - нач. XX века // Отеч. история. 1995. № 2.
C.Л. Макарова