В 1831-1908 гг. Должность, учрежденная 16 декабря 1831 года в связи с высочайше утвержденным образованием Главного управления Черноморского флота (ЧФ) и портов.
Имел права и обязанности командира отдельного корпуса, при нем находились: канцелярия, штаб и интендантство. Располагался в Николаеве, ему подчинялись портовые управления в Николаеве, Севастополе, Херсоне, портах Дуная. После Крымской войны (1853-1856) ввиду сокращения флота на Черном море главный Начальник ЧФ и портов назывался заведующим морской частью в Николаеве, пользовался правами главного командира, являясь одновременно николаевским военным губернатором. В 1860 году при разделении портов на разряды Николаев отнесен к главным портам. При главном командире порта учреждена канцелярия, ему подчинены все портовые учреждения, суда и чины, находившиеся в порту. Приказом генерал-адмирала № 114 от 1 октября 1871 года восстановлен ЧФ и должность Главного командира Черноморского флота и портов Черного моря
В 1896 году штаб ЧФ и портов Черного моря переведен в Севастополь, который по штатам 1900 года причислен к главным портам, административный центр с Главным командиром Черноморского флота и портов Черного моря переместился туда же. Приказом по морскому ведомству № 133 от 21 мая 1908 года должность Главного командира Черноморского флота и портов Черного моря была упразднена. Севастопольский порт возглавил главный командир порта в чине вице-адмирала или адмирала, одновременно он являлся начальником тыла ЧФ. 1 мая 1918 года, после оккупации Севастополя немецкими войсками главный командир порта подчинен официальному представителю морского министра Украинской державы для связи с германским командованием в Крыму.
Источники: РГАВМФ. Ф. 243, 245, 920; Сб. законов и постановлений, до мор. управления относящихся за 1831. СПб., 1836. Кн. 3. За 1856. СПб., 1857; Собр. узаконений,постановлений и др.распоряжений по мор. ведомству за 1860. СПб., 1861; За 1871. СПб., 1872; Чубинский В. Ист. обозрение устройства управления мор. ведомством в России. СПб., 1869.
Т.С. Федорова