В 1806 г. Бернадот командовал корпусом Заальфельде, Йене и Галле. Последнее сражение Бернадот вел самостоятельно, и вся честь победы над пруссаками принадлежала исключительно ему.

В соединении с Мюратом и Сультом Бернадот нанес страшное поражение Блюхеру при Любеке. Отсюда Бернадот отправился в Польшу, при Морунгене разбил отряд генерала Маркова и в феврале 1807 г. заставил англичан с очистить остров Вальхерн. В течение этой компании корпусом Бернадота были взяты в плен 1 ? тыс. шведов. Бернадот так ласково и гуманно с ними обращался, что пленники возвратились на родину очарованные Бернадотом, и в Скандинавии имя Бернадота стало весьма популярно.

В том же году Бернадот при Шпандене был тяжело ранен, вследствие чего временно оставил армию.

В 1809 г., в соединении с корпусом Вандама, Бернадот нанес поражение австрийцам при Линце. 5 июля в сражении при Ваграме с успехом атаковал ключ позиции – Ваграмское плато. Но после этого сражения у вновь обострились отношения с Наполеоном: последний считал Бернадота виновным в частной неудаче – отступлении саксонцев и корпуса принца Евгения.

Бернадот покинул армию и уехал в Париж. Англичане в это время сделали высадку на материк и заняли Флиссинген (лорд Чатам), и Бернадот получил от Совета министров поручение сформировать армию для защиты берегов.

В конце декабря, во главе 80 тыс. человек, он уже двинулся к Флиссингену. Корпус Чатама этому времени был до того обессилен лихорадками, что англичане, не дожидаясь прибытия французов, сели на суда и отплыли Англию. Лишь только опасность нашествия англичан миновала, Наполеон приказал расстрелять генерала Мона, сдавшего развалины Флиссингена англичанам. Что касается Бернадота, то, по мнению Наполеона, убеждения его были слишком шатки, чтобы оставить его в тылу у себя во главе таких значительных сил, которые тот умел воодушевлять не хуже Наполеона.

Бернадот получил назначение генерал-губернатором в Рим и вскоре был уволен в отставку.

В том же 1810 г. последовало избрание Бернадота наследником шведского престола. Шведские офицеры, знавшие Бернадота, находясь в плену, выдвинули его кандидатуру. Бернадот согласился на переход в лютеранство и на принятие престола. Удовлетворение было всеобщее, и 21 августа 1810 г. король Швеции Карл XIII издал указ, которым он усыновлял Бернадота под именем Карла-Иоанна. Раньше, чем отпустить Бернадота, Наполеон вызвал его к себе и предложил ему подписать обещание никогда не поднимать против него оружия. Бернадот ответил, что сердце его всегда останется французским, но дать какую-либо подписку категорически отказался. Они расстались холодно.

1 ноября Бернадот с триумфом прибыл в Стокгольм. 5-го – он принял лютеранство и дал присягу, которую закончил следующей блестящей речью:

"Выросший среди лагеря, сроднившийся с войной, я видел много бедствий. Никакая победа не может вознаградить страну за потерю ею детей, погибших в иностранной войне. Вместе с тем одно физическое могущество не показывает силы страны. Ее сила в мудрости ее законов, в обширности ее торговли, в культуре народа и в национальном сознании.

Швеция много страдала в последнее время, но ее честь осталась незапятнанной.

У нее осталось достаточно земель для своего существования и достаточно железа для своей защиты».

Вскоре после своего избрания наследным принцем Бернадот поручил присланному к нему флигель-адъютанту Чернышеву довести до сведения Императора Александра, что после своего прибытия в Швецию он сделался совершенно человеком севера, что Россия может смотреть на Швецию, как на свой верный передовой пост, что он понимает все, чем он обязан Франции, и употребит все старания, чтобы сохранить дружеские сношения с нею, но что это соображение никогда не заставит его потерять из виду свои интересы, сделавшиеся всецело шведскими.

Затем наследный принц присовокупил, что "дает священный обет ничего не предпринимать, что было бы неприятно России».

Вскоре между Бернадотом и Императором Александром завязалась оживленная дружеская переписка, которая привела к тому, что Наполеон потерял всякую возможность рассчитывать на содействие Швеции в подготовлявшемся им походе против России. 24 марта 1812 г. был подписан трактат между Россией и Швецией, по которому обе державы заключили союз, при чем Россия обязывалась, в случае успеха, отнять от Дании, постоянного союзника Наполеона, Норвегию и присоединить ее к Швеции.

12 августа Император Александр отправился в Або для личного знакомства с Бернадотом. Переговоры между ними обеспечили Финляндию за Россией, при чем Швеция обязывалась признать всякое увеличение территории России в сторону Вислы. Бернадот предложил усилить корпус Витгенштейна, прикрывавший Спб., теми войсками, которые находились в Финляндии и предназначались для содействия Швеции в завоевании Норвегии. "Ваш поступок прекрасный, – воскликнул Император, – но каким же образом вы получите Норвегию?» "Если победа будет на вашей стороне – я получу ее, ибо вы сдержите обещание; если вы будете побеждены, Европа подвергнется порабощению, все государи подвергнутся произволу Наполеона, и тогда лучше быть простым пахарем, нежели царствовать при таких условиях», – отвечал Бернадот, и 10 тыс. русских, бывших в Финляндии, тотчас же были морем перевезены в Ревель.