В 1866-1910 гг.

Должность введена высочайше утвержденным Уставом о карантинах от 1 марта 1866 года. Карантинный агент назначался Министерством внутренних дел из врачей.

Функции: руководство карантинным агентством (морским карантинным учреждением). Карантинный агент, руководящий карантинным агентством 1-го класса, соединял функции капитана карантинного порта и директора карантинного дома. Функции 1-го выполнялись в полном объеме - организация осмотра судов (Карантинный агент лично проводил опрос команды и пассажиров, проверял занесение в шнуровую книгу сведений о судне, команде и пассажирах, а также принимал решение о мерах по очищению и его сроках); информирование карантинного правления о задержанных судах и принятых мерах.

Функции 2-го выполнялись с учетом того, что в карантинных агентствах Iкл. не имелось карантинных домов, а лишь небольшое карантинное отделение для пассажиров - обеспечение изолированного содержания пассажиров и команды, снабжения медикаментами, качества пищи и т.д. Карантинный агент наблюдал за выгрузкой товаров, подлежащих проветриванию и окуриванию, контролировал их наличие в соотв. С перечнем, данным хозяином или капитаном судна. Функции Карантинного агента в агентстве II кл. (пропускавшем незараженные суда) сводились к организации проверки патентов (документов на проезд) и осмотра судов.

Карантинный агент имел в подчинении карантинных врачей, карантинных комиссаров, брандвахту, стражу.

Его должность относилась к VIII кл. "Классного расписания должностей".

Должность просуществовала до 1910 года, когда в соответствии с ратифицированной в 1904 года Парижской Международной санитарной конвенцией в Устав о карантинах были внесены изменения, отменяющие деятельность карантинных агентств.