В 1811-1904 (с 1811 по 1819 - Медицинский департамент Министерства полиции) годах.

Высшее врачебно-административное учреждение. Создан по "Общему учреждению министерств" от 25 июня 1811 как один из департаментов Министерства полиции для заведования медицинской частью империи, унаследовав функции бывшей Медицинской коллегии, на базе которой и был образован.

Состоял из 3 отделов: 1-й вел дела по устройству медицинского управления и общим мерам народного здравия; 2-й ведал заготовлением врачебных средств и казенными аптеками; 3-й вел счет сумм и ревизию материалов.

При Медицинском департаменте Министерства полиции с 1812 состояла Канцелярия генерал-штаб-доктора гражданской части.

С присоединением 4 ноября 1819 года Министерства полиции к Министерству внутренних дел департамент в полном составе вошел в последнее.

По высочашему указу от 17 июня 1836 года последовало полное преобразование медицинской части и от Медицинского департамента была отнята функция заготовления врачебных средств, для чего был образован Департамент казенных врачебных заготовлений Министерства внутренних дел, а обновленный Медицинский департамент существенно изменен в составе и структуре в результате объединения 1-го отдела прежнего Медицинского департамента и Канцелярии генерал-штаб-доктора гражданской части с подчинением департаменту медицинских чиновников, учебных заведений, судебной медицины и медицинской полиции.

Медицинский департамент Министерства внутренних дел состоял из директора (он же - генерал-штаб-доктор гражданской части), двух отделений и особого секретарского стола. 1-е отделение ведало распорядительной частью: устройством и управлением Императорской медико-хирургической академии в С.-Петербурге, Московским и Виленским ее отделениями; учетом и распределением врачей, ветеринаров и фармацевтов; определением, перемещением и награждением медицинских чиновников и ветеринарных врачей; назначением пенсий их семьям, составлением годовой сметы на содержание гражданской медицинской части в государстве; бухгалтерией и контролем всех сумм; выдачей жалованья чиновникам, делами экзекуторскими и канцелярией; 2-е отделение вело дела медицинской полиции и судебной медицины - надзор за гражданскими больницами, соблюдением медицинских инструкций, развитием сети больниц, надзором за врачами и способами лечения, за повивальными бабками; рассмотрение судебно-медицинских рапортов; контроль за открытием новых аптек, определение и увольнение аптекарских чиновников при аптеках приказов общественного призрения, за продажей лекарственных и косметических средств; рассмотрение медико-топографических описаний губерний, заведование минеральными водами; надзор за привитием оспы и карантинами, принятие мер против эпидемий. Секретарский стол ведал делопроизводством и вопросами кадров самого департамента, составлением отчетов о деятельности Медицинском департаменте и суммах на его содержание, библиотекой департамента.

Отделения включали начальника, 2 столоначальников и их помощников, журналиста, канцелярских служителей; секретарский стол - секретаря, его помощника, экзекутора, казначея, начальника архива, канцелярских служителей.

Высочайше утвержденным 22 марта 1904 года мнением Государственного Совета об учреждении Управления главного врачебного инспектора Министерства внутренних дел Медицинский департамент Министерства внутренних дел был упразднен.