Существовал в 1836-1867 гг.

Высшее судебное учреждение морского ведомства.

Образован по высочайше утвержденному "Проекту образования Морского министерства" от 8 апреля 1836 года. Подчинялся непосредственно императору.

Состоял из председателя и 4 членов-флагманов, или морских генералов., назначавшихся императором. На правах обер-прокурора в Морской генерал-аудиториат входил генерал-аудитор флота.
Морской генерал-аудиториат осуществлял ревизию служебных и военно-судебных дел чинов флота и выносил по ним окончательные приговоры; обсуждал законопроекты по военной части и контролировал соблюдение законности.
15 мая 1867 года императором утвержден "Военно-морской судебный устав", а 29 июня 1867 года приказом № 117 генерал-адмирала была объявлена реформа военно-морской судебной части, согласно которой с 1 сентября 1867 года Морской генерал-аудиториат упразднялся.