На службу во флоте Вальдес-и-Флорес поступил в 1781 г.; в 1797 г. он уже командовал кораблем, находясь в составе эскадры адмирала Кордовы, и участвовал в несчастном для испанцев бою при м. С.-Винцент.
В 1805 г., в бою при Трафальгаре, командуя кораблем Нептун, Вальдес-и-Флорес заметил, что союзный французский адмирал Дюмануар удаляется с места сражения на север; Вальдес-и-Флорес при содействии нескольких других кораблей бросается на помощь к 2 отрезанным англичанами своим судам и после отчаянного боя избавляет их от плена и с ними вместе отступает к Кадиксу. ...