Российско-Американская компания, задетая успехами Невельского на Амуре, охарактеризованном её работниками в самых чёрных красках, как бесполезной для России реке, готова была придраться к любому случаю, чтобы недодать, недослать, одним словом, насолить "противнику". Так, в 1852 году, считая, что суммы, отпущенные правлению компании для снабжения Амурской экспедиции, уже израсходованы, она отдала распоряжение начальнику своей Аянской фактории и порта А. Ф. Кашеварову не снабжать продовольствием Амурскую экспедицию свыше отпущенных сумм. Поэтому, того не ожидая, Невельской получил такое количество продуктов, которое обрекало его людей на медленную голодную смерть. Невельской жалуется, требует внимания к своим нуждам, указывает справедливо, что в результате всех этих недоразумений страдать будут не только люди, но и дело; однако он вместе с тем великолепно сознает, что его письма — глас вопиющего в пустыне, что помощи ждать неоткуда. В результате от голода и недоедания гибнет несколько человек из числа команды, умирает Новорожденная дочь Г. И. Невельского. Мучилась и страдала его жена, которая делила с ним все тяготы и неудобства походной жизни и прожила в течение всего срока работы Амурской экспедиции на Петровской кошке и Николаевском посту.

Даже перед лицом надвигающейся катасторфы Невельской не покидает своего поста. Он пишет Муравьёву в сознании безысходности положения полное трагизма письмо: "Когда же мне, и моим благородным сотрудникам, полным самоотверженного сознания своего долга перед Родиной, дадут, наконец, средства для достижения великой государственной цели, которую все мы преследуем, не страшась ни ответственности, ни опасности, ни лишений? Мы верим все, что наступит такая минута, и в надежде на нее с твердостью духа переносим все трудности и опасности, но всему есть предел, переступать который не следует". Даже в таких тяжелых условиях он посылает исследовать Северный Сахалин, учреждает посты в заливе Де-Кастри, в заливе Уанды и других местах; посылает лейтенанта Н. К. Бошняка для изучения побережья Татарского пролива, в результате чего последнему удается изучить и впервые нанести на карту залив — Гавань императора Николая I (теперь Советская Гавань), одну из крупнейших и удобнейших для стоянки судов гаваней мира.

Жалобы Невельского в Петербург наконец помогли; там поняли, что губить людей из-за личных счетов, возникающих в значительной степени вследствие недоговоренности в переписке, которая велась почти на расстоянии 10 000 км, нельзя. Российско-Американская компания получила полностью возмещение всех своих убытков и дополнительно еще 100 000 рублей на расходы по снабжению Невельского. Одновременно правление Компании сообщило ему, что в навигацию 1852 года экспедиции будет доставлен морской 16-сильный паровой катер, которого он так долго добивался для изучения Амурского лимана, гребные суда и все требовавшиеся им припасы.

"Эти бумаги, — пишет Невельской, — были лучом света, озарившим нашу пустыню; они показывали, что правительство, наконец, обратило свое внимание на экспедицию".

В середине 1852 года, согласно полученному распоряжению из С.-Петербурга, Невельской занимает залив Тамари-Ацива на Южном Сахалине, учреждая там Муравьёвский пост, и после поднятия флага объявляет о принадлежности острова России. Одновременно лейтенанту Н. В. Рудановскому поручается производство топографических съемок внутри Сахалина и на побережье, что впоследствии дало возможность составить первую достоверную карту южной части острова.

В апреле 1854 года в Императорскую Гавань прибыл на фрегате "Паллада" вице-адмирал Путятин, который привез сообщение о возможности войны с Англией и Францией, а также о прибытии весною на Амур Н. Н. Муравьева.

Надвигающаяся война, которая могла привести к захвату превосходными силами англо-французского флота гавани в Петропавловске и утверждению противника в других пунктах побережья, заставила русское правительство действовать энергичнее. Муравьёву было отдано распоряжение приступить к строительству в Сретенске пароходов и непаровых судов, а также готовиться к сплаву войск по Амуру для подкрепления Петропавловска. Правительство при этом вспомнило слова Муравьёва в одной из его записок о том, что достаточно англичанам устроить "умышленный двухнедельный разрыв с Россией, чтобы завладеть Авачинской губой и потом заключить мир, чтобы Авачинской губы нам уже не отдать". Поэтому, по предложению Муравьёва, там было приступлено к созданию военного порта как главной русской опоры на Тихом океане. Невельской же считал, что Камчатка, оторванная от остальной России бездорожьем восточно-якутской тайги и замерзающим в течение полугода Охотским морем, не сможет вести длительную оборону и что поэтому целесообразнее все силы употребить на создание такого порта в южной, незамерзающей части побережья Татарского пролива или Японского моря, который, будучи связан удобными внутренними путями с Амуром и через него с основными центрами страны, сможет обороняться, опираясь на тылы.

Свои мысли по этому поводу Г. И. Невельской неоднократно высказывал как в официальных рапортах и письмах в Петербурге, так и самому Муравьёву.

Это вызвало холодок в отношениях Муравьёва к своему строптивому подчиненному и, в конце концов, привело к полному разрыву. Муравьёв критики не терпел, а так как в конце концов Невельской все-таки оказался прав и сам Муравьёв, после блестяще отраженной камчатским губернатором В. С. Завойко атаки союзного флота на Петропавловск, должен был снять гарнизон Петропавловского порта, жителей и военное имущество, и все это перебросить в устье Амура, то и совсем перестал считаться с заслугами Невельского и при первом удобном случае постарался убрать со своего пути такого самостоятельного в действиях и мнениях человека, как Г. И. Невельской.

В признание заслуг Геннадия Ивановича, с которыми не считаться было нельзя, он был произведен в контр-адмиралы, награжден двумя орденами, но тем не менее дни его пребывания на Амуре уже были сочтены. Прибыв на Амур, летом 1865 года, Муравьёв, в качестве главнокомандующего всеми собравшимися здесь вооружёнными силами, назначил Невельского начальником своего штаба, одновременно сообщив последнему об упразднении Амурской экспедиции и создании новой администрации во главе с камчатским губернатором В. С. Завойко. Несмотря на преподнесенную "позолоченную пилюлю" — важный пост, — Невельской великолепно понимал, что это назначение является фактической отставкой. И действительно, когда Муравьёв осенью отбыл через Аян со своей свитой обратно в Иркутск, Невельской остался жить на Амуре в качестве частного лица безо всяких обязанностей, и летом 1856 года с женой и двумя детьми покинул край, в изучение которого вложил свои силы и всю душу.

В начале ноября 1856 года мы видим его уже в С.-Петербурге, где, представляясь незадолго перед тем вступившему на престол Александру III он услышал от него, что Россия никогда не забудет его заслуг. Однако это было совсем не так. Геннадия Ивановича если и вспоминали, то весьма своеобразно. Его травили в печати и в аристократических кругах за якобы лживое утверждение о доступности Амурского лимана для морских кораблей, утверждали, что введенные в устье реки и прибывшие туда из Петропавловска суда не могут выйти оттуда из-за мелководья, за то, что якобы по его вине погиб фрегат "Паллада", взорванный в Императорской Гавани по распоряжению В. С. Завойко и не введенный в Амур из-за того же мелководья. Он боролся, писал, опровергая измышления своих противников, но не мог преодолеть тайных недоброжелателей, когда явные должны были отступить перед фактами, по мере того как флот был выведен в океан, а подлинные причины, почему "Паллада" не была введена в Амур {В этом был виноват Муравьёв; он забрал для следования в Аян единственное из имевшихся в то время в устье Амура паровых судов — шхуну "Восток" и затем, несмотря на обещание прислать ее обратно в Амурский лиман для буксировки по нему "Паллады", послал её на Камчатку. Только поэтому "Паллада" и не была введена в устье Амура.}, - становились общеизвестными. Он был один, а недоброжелателей было много. Его заслуги были слишком очевидны, поэтому, не имея надежды их опровергнуть, о нем старались просто не говорить.

Возникает вопрос, почему же так не любили и держали в чёрном теле Невельского, почему у него было так много недоброжелателей?

Дело тут, понятно, не только в самостоятельности действий и мнений Невельского и оскорбленном самолюбии министров и руководителей Российско-Американской компании, которым он немало причинил неприятностей своими жалобами на их непонимание действительности и ущемление интересов Родины и работников Амурской экспедиции, но, главным образом, в том, что им наглядно была доказана совокупность их ошибок в Амурском вопросе. Таких уроков не могли простить, и этим объясняется травля, поднятая против него по возвращении в С.-Петербург.

Но было и нечто большее, почему правительство неблагосклонно смотрело на Невельского. В этом отношении он разделил судьбу многих замечательных деятелей русского флота, как, например, его современника П. С. Нахимова или жившего позднее адмирала С. О. Макарова. Невельской был слишком мало дипломатом и меньше всего заботился о соблюдении "дипломатических" тонкостей, ставя на первое место интересы дела и науки. Здесь, с точки зрения правительства, он был слишком прямолинеен и потому опасен. Нам кажется, именно в этом и заключается корень последующих неблагоприятных событий, постигших Невельского.

Прошло два года. В 1858 году в Пекине китайским богдоханом был ратифицирован Айгунский трактат, подписанный Н. Н. Муравьёвым и утверждавший за Россией право на владение левым берегом Амура. Невельского не могли не вспомнить. Но в то время как Муравьёв получил большие награды, контр-адмирал Невельской был награжден всего лишь орденом Анны 1-й степени и пенсией в 2 000 рублей. Почти такую же награду получил и председатель Российско-Американской компании генерал Политковский, заслуги которого в разрешении амурской проблемы более, чем сомнительны, поскольку руководимая им Компания только то и делала, что по любому поводу вставляла палки в колеса Невельскому. Таким образом, успешная деятельность Невельского, закончившаяся присоединением к России без единого выстрела огромного края, была оценена наравне с личностями, доставлявшими ему как начальнику экспедиции больше хлопот и неприятностей, чем помощи. Недоброжелательству влиятельных лиц следует приписать забвение бесспорных заслуг Невельского, который имел полное право на иное отношение к себе своих современников. А между тем, если бы инициатива действия на Амуре исходила от одного Муравьёва, как доказывали его панегиристы, то на каком же тогда основании разжалован был в матросы один капитан 1-го ранга Г. И. Невельской, а не генерал-лейтенант Муравьёв, приказания которого в качестве слепого исполнителя его воли должен был выподнять Невельской.

Справедливость требует отметить, что без поддержки и сочувствия Н. Н. Муравьёва Г. И. Невельскому было бы трудно осуществить свои планы. Но бесспорно и то, что сам Муравьёв при всём своём сочувствии к необходимости закрепления за Россией Амура, с одним сочувствием немного бы сделал, когда надо было действовать и действовать решительно перед лицом угрозы безвозвратной потери и захвата края иностранцами. Это бесспорно и произошло бы во время войны 1855 года, если бы здесь не было Невельского, подготовившего своими исследованиями почву для концентрации сил армий и флота в низовьях Амура. Он верно оценил положение и понял, что только быстрота может спасти положение и что легко утраченное едва ли, даже с трудом, сможет быть возвращено. Именно в быстроте действий он видел свой долг перед Родиной, что не было понято многими из его современников. Этой заслуги Невельского никогда не забудет наша Родина, которой он беззаветно служил.

Бросая позднее взгляд в прошлое, Г. И. Невельской писал, что если бы он ограничился одной доставкой груза, вмененной ему в качестве основной задачи при отправке "Байкала" в Петропавловск, если бы, несмотря на ответственность, он не решился бы итти из Петропавловска в Амурский лиман, "то и наши суда в Тихом океане и защитники Петропавловского порта, отбившие с успехом англо-французский флот, и имущество, находившееся в Петропавловске, всё могло стать трофеем неприятеля, а край занят какой-либо иностранной державой". Если этого не произошло, то в том заслуга никого иного, как Г. И. Невельского, своей дальновидностью и настойчивостью в достижении цели предупредившего возможность этих грустных последствий, которых не давал себе труда увидеть близорукий Нессельроде. Если бы низовья Амура уже не были заняты Невельским, у неприятельской эскадры не было бы причины блокировать Амур и тем самым фактически признать в окружающей его территории владения России. Именно на это обстоятельство ссылался потом Н. Н. Муравьёв, ведя в Айгуни переговоры с китайским уполномоченным князем И-Шан об окончательном установлении государственных границ. Из сказанного, вытекает, что, не действуй Невельской столь решительно, край мог бы быть навсегда потерянным для России. Так оценивал результаты саоей деятельности на крайнем Востоке России сам Невельской.

Не желая, чтобы голоса его критиков и недоброжелателей и нападки их на деятельность руководимой им Амурской экспедиции остались без ответа, Г. И. Невельской предпринял работу по составлению своих записок и в заключительных строках писал, что как начальник её он счел своей священной обязанностью в интересах истины изложить вое события с фактической точностью в последовательном порядке.

Последние 20 лет жизни деятельность Г. И. Невельского протекала в С.-Петербурге. Он был произведен в вице-адмиралы, a, с 1 января 1874 года в полные адмиралы. Работал он в Ученом отделе Морского технического комитета, куда, по циничному, выражению министра Н. К. Краббе, назначали или уже "полуживых или малодеятельных". Г. И. Невельской не принадлежал ни к числу первых, ни тем, более ко вторым. Назначение его в Комитет было для молодого в то время адмирала (ему было 46 лет) почетной ссылкой, назначенной правительством за самостоятельность действий и мнений. Его никогда больше: не отпускали в плавание; рожденный для моря, его родной стихии, он до конца своих дней не посетил палубы корабля. Умер Г. И. Невельской совсем не старым, в возрасте 63 лет, 17(29) апреля 1876 года.

Признание пришло позднее. 26 октября 1897 года во Владивостоке, т. е. на правобережье Амура, куда к корейской границе Невельского не пускал Нессельроде, строго-настрого запрещая вести здесь какие бы то ни было исследования, Невельскому и его сотрудникам в торжественной обстановке был открыт сооруженный по всенародной подписке памятник. Но вечным памятником Невельскому будут его исследования, в результате которых было доказано:

а) наличие морского пролива между материком и Сахалином и доступность Амура и Амурского лимана для морских кораблей;

б) были открыты: заливы Счастья, Николая, Советская Гавань и Невельского;

в) географически изучены и положены на карту: юго-западное побережье Охотского моря, Амурский лиман и северная часть Татарского пролива, долина р. Амура и его притоков: Амгуни, Горина, Хунгари и многих других, вплоть до Уссури, предгорьев Буреинского и Станового хребтов, установлено положение и истоки многих рек и горных перевалов, описана береговая линия Татарского прилива от устья Амура до Советской Гавани, открыты месторождения каменного угля на Сахалине, нанесены на карту его берега и произведено первое подробное географическое изучение не только их, но и внутренних районов острова; при этом всюду определились астрономические пункты, которых в общей сложности насчитывалось несколько сот.

Невельским был основан ряд и поныне существующих городов и населенных пунктов: Николаевск-на-Амуре, Мариинск и др. и, наконец, доказало отсутствие у Китая прав на владение левобережьем Амура и правобережьем Уссури, что в результате дало возможность приобрести для нашей Родины огромный край площадью свыше 1 миллиона квадратных километров и выход к морю из Восточной Сибири. Таков далеко не полный перечень всего сделанного Г. И. Невельским в области географического изучения Приморья и Приамурья.