Возмущенный этой гнусной клеветой до глубины души, Жак де Молэ не замедлил обратиться к папе с требованием восстановить Апостольским авторитетом доброе имя Ордена Храма, и с этой целью сам настоял не проведении немедленного расследования, ибо был глубоко убежден в полной беспочвенности и абсурдности возводимых на Орден Храма обвинений. Папа обещал ему беспристрастно разобраться во всем, но все эти обещания остались пустым звуком в свете последующих, стремительно развивавшихся событий.

10 октября 1307 г. Жак де Молэ был приглашен королем Филиппом в Париж на траурную церемонию похорон недавно умершей королевской своячечницы. Не подозревая ничего дурного, Великий Магистр последовал зову короля. Он был принят в Париже с большими почестями. Ему была даже оказана высокая честь нести балдахин над гробом умершей. Но в ту же ночь Жак де Молэ был, по приказу короля, без предъявления какого бы то ни было обвинения, арестован и брошен в темницу!

Разумеется, ему не могло быть известно, что одновременно были арестованы все находившиеся в пределах Французского королевства тамплиеры – и Орден оказался обезглавлен одним ударом. Чтобы во что бы то ни стало "выбить" из арестованных признание в совершении инкриминируемых им преступлений, их допрашивали с применением жесточайших пыток. В результате, не менее 36 арестованных скончались непосредственно в ходе допросов. И неизвестно сколько еще тамплиеров отдало Богу душу в темнице после допроса "с пристрастием"!

Другие, менее стойкие, арестованные, оговорили себя и других под пытками, признавшись во всех возведенных на них обвинениях. Те, кто вздумали "задним числом» отказаться от прежних, данных под пытками и запротоколированных, самооговоров, были признаны "еретиками-рецидивистами" и сожжены на костре!

Допросам был подвергнут и сам Великий Магистр. Но, когда ему зачитали его – якобы! – собственные показания, он с возмущением отказался признать их своими! Действительно ли ему был зачитан подложный протокол, или это была с его стороны попытка самозащиты, установить сегодня невозможно, потому что, среди многочисленных дошедших до наших дней официальных протоколов допросов арестованных храмовников, странным образом отсутствует самый главный – протокол допроса самого Жака де Молэ. Вряд ли это простое совпадение – особенно с учетом такого странного факта, как исчезновение всех протоколов, свидетельствовавших в пользу Ордена Храма!

Как бы то ни было, Жак де Молэ продолжал утверждать, что зачитанный ему протокол – подложный, и что его показания были фальсифицированы. Когда же, после семилетнего тюремного заключения, Великий Магистр, вместе с тремя другими членами высшего орденского руководства, предстал перед папским трибуналом, он твердо заявил, что фальсификатора его показаний следовало бы разрубить надвое, как с подобными лжецами поступают даже у неверных сарацин.

Когда все четверо обвиняемых были приговорены к пожизненному тюремному заключению, Жак де Молэ утратил всю свою сдержанность и громогласно заявил, что обвинение и весь процесс тамплиеров – гнусное измышление, что он готов свидетельствовать перед Богом и людьми, что все тамплиеры – добрые христиане, а Орден Храма – чист и ни в чем не повинен. Что же касается его самого, продолжал Великий Магистр, ему очень хорошо известно, что ожидает тех, кто отрекается от вырванных у них под пыткой самооговоров – к тому времени 56 тамплиеров, отказавшихся от своих показаний, были уже объявлены закоренелыми еретиками и окончили свою жизнь на костре. Тем не менее, де Молэ заявил, что скорее умрет, чем еще раз осквернит Орден подтверждением облыжного обвинения.