В руководстве партии "Дашнакцутюн" возник раскол. Против нового курса выступил один из руководителей боевиков -"зинворов" Габриеэл Кешишьянц. В начале 1907 г. в Вене состоялся 4-й съезд партии "Дашнакцутюн", принявший решение о роспуске отрядов "зинворов", находившихся в подчинении Военного совета, возглавляемого Габриэлом Кешишьянцем. После того, как последний отказался подчиниться этому решению, за ним и его сторонниками началась настоящая охота. 10 июля 1907 г. "дашнаки" обнаружили Габриэла Кешишьянца в селении Армавир (ныне - город Армавир). В результате совершенного на него покушения сам он получил ранение, а несколько человек были убиты.

       Покушение на Кешишьянца, ознаменовавшее собой начало форменной "гражданской войны" между "дашнаками", послужило причиной возбуждения уголовного дела. Под руководством следователя по особо важным делам Новочеркасского окружного суда Лыжина началось следствие. Опираясь на показания Габриэла Кешишьянца, царская полиция провела целую серию обысков. Были обнаружены многочисленные документы - партийная переписка, финансовая отчетность и списки членов партии. Дело о покушении на убийство Кешишьянца стало превращаться в дело о партии "Дашнакцутюн".

       Когда в 1907 г. началось следствие по делу "Дашнакцутюн", между прочим, выяснилось, что для хранения и перевода своих денег "дашнаки" использовали "легальный канал" - фирму купца из Нахичевани-на-Дону  (ныне - часть города Ростова-на-Дону) Ивана Мартыновича Шапошникова.

       Не менее активное участие "дашнаки", вместе с другими кавказскими революционерами, принимали участие в революционных событиях, разыгравшихся в описываемое время в Персии (Иране), за полное подчинение которой своей власти боролись две тогдашние величайшие империи мира - Российская и Британская. Россия поддерживала персидского шаха Мохаммада Али, Англия - сторонников оппозиционого шаху персидского парламента-меджлиса (своего рода персидский аналог "младотурок"). В помощь шаху при помощи русских военных советников была сформирована Персидская казачья бригада под командованием полковника В.П. Ляхова. Между прочим, в рядах этой бригады служил Мохаммад Реза-Хан, будущий основатель новой иранской династии Пехлеви (фактически свергнутый в 1941 г. англо-советскими силами вторжения, оккупировавшими Иран).

       После роспуска шахом меджлиса 23 июня 1908 г. столица персидского Азербайджана - г. Тебриз - оказался во власти революционеров. Последние обратились к кавказским социал-демократам с просьбой о помощи в борьбе против "шахского деспотизма". Кавказский комитет РСДРП направил в Персию десятки революционных боевиков и бывших солдат, вооруженных пистолетами (главным образом - маузерами) и бомбами. Грузинские социал-демократы и "дашнаки" приняли активное участие в обороне Тебриза от шахских войск. Несмотря на то, что полковник Ляхов со своими персидскими казаками прочно удерживал под властью шаха столицу Персии Тегеран, Мохаммад Али так и не смог распространить свою власть на Тебриз. Персидские революционеры-националисты под командованием "дашнака" Ефрем-Хана Давидянца овладели г. Решт, столицей провинции Гилян. Впоследствии Ефрем-Хан Давидянц даже вошел в состав революционного персидского правительства.

       Между тем, пока в Новочеркасске шло следствие по делу партии "Дашнакцутюн", 11 декабря 1908 г. в Тифлисе жертвой "дашнакских" боевиков пало несколько филеров (секретных агентов-сыщиков) местного охранного отделения, и жандармам также удалось обнаружить при обыске квартир "дашнаков" Минасяна, Огаджанова, Едигоровых и др. множество документов, содержание которых выходило за рамки следствия об убийстве. Так возник еще один центр расследования деятельности партии "Дашнакцутюн". Собранный следствием материал был настолько серьезен, что партия "Дашнакцутюн" отпустила 10 000 рублей (сумма, как уже говорилось, по тем временам немалая!) на его похищение или уничтожение.

       28 марта 1909 г. следователь Лыжин направил в Тифлис предписание о производстве обысков и аресте 192 человек, затем последовало предписание о производстве обысков в 18 городах Российской империи и аресте еще 241 человек. К середине января 1909 г. было произведено около 1000 арестов. однако 696 арестованных вскоре почему-то вышли на волю, и в обвинительном акте, подписанном 28 мая 1911 г., в качестве обвиняемых фигурировало лишь 159 человек.

       Дело партии "Дашнакцутюн" рассматривалось в Особом присутствии Правительствующего Сената. 20 января 1912 г. закончилось оглашение обвинительного заключения, 21 января начался допрос свидетелей, в середине марта был объявлен приговор. Большую часть обвиняемых (103 человека) сенат оправдал. 52 человека получили различные сроки тюремного заключения, с зачетом времени, проведенного под следствием (в результате чего многие из них сразу же по оглашении приговора вышли на свободу), и только 4 (!) человека были приговорены к каторжным работам.

       Предполагалось, что дело партии "Дашнакцутюн" повлечет за собой если не разгром партии, то хотя бы ее паралич. Но ничего подобного не произошло. Дело партии "Дашнакцутюн" свидетельствовало, что в Российской империи существовали весьма влиятельные силы, использовавшие свое влияние для поддержки любого антиправительственного движения - армянского, грузинского, финского, польского, еврейского, "интернационалистского" - только бы оно было враждебным Российскому Самодержавию.

       И только совместная вооруженная борьба против Османской империи в окопах Первой мировой войны заставила царские власти и "бойцов армянского невидимого фронта" забыть свои разногласия перед лицом общего врага.

       После 1920 г. "дашнаки" сформировали специальную "ликвидационную комиссию" под руководством Армена Гаро, участвовавшего в партизанской войне против турок еще в начале ХХ в. в Македонии, в составе "комитаджи" - боевиков Внутренней Македонской Революционной Организации (ВМРО), одним из которых в 1934 г. в Марселе были, между прочим, убиты французский министр иностранных дел Луи Барту и король Югославии Александр I Карагеоргиевич. "Дашнакская" комиссия методично занялась раскрытием местопребывания турецких военных преступников, нередко прятавшихся под фальшивыми именами, и совершала соответствующие акции возмездия.