Тем более что папа римский Иннокентий VIII в 1489 г. своей буллой „Cum solerti meditatione pensamus“ объединил Орден каноников (рыцарей) Гроба Господня с Орденом рыцарей-госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, что, по идее, ставило крест на дальнейшем самостоятельном существовании Ордена рыцарей Гроба Господня!

Однако строптивый Mечовский монастырь Гроба Господня в Польше, вопреки папской булле, наотрез отказался объединиться с Орденом Святого Иоанна Иерусалимского. А новый папа римский Лев X своим апостольским посланием от 13 марта 1510 г. по просьбе расположенных в Испании монастырей каноников Гроба Господня также восстановил их независимость от Ордена госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, подтвердив свое решение в 1513 г.

В Нидерландах самое престижное, Aнтверпенское объединение рыцарей Гроба Господня – так называемое „Иерусалимское братство“ -, в состав которого, наряду с брабантскими аристократами, входило немало испанских грандов, приняло твердое решение объединиться в Орден по образцу древнего рыцарского Ордена Святого Гроба эпохи Kрестовых походов. Восстановленный Орден Гроба Господня должен был иметь двойное подчинение – папе римскому, как высшему духовному авторитету, и королю Испании, как светскому главе.

26 марта 1558 г. испанский король Филипп II Габсбург был торжественно избран Великим Магистром Ордена Святого Гроба – в пику папе римскому, самому претендовавшему на этот титул! Церемония избрания короля гроссмейстером “сепулькриеров” состоялась в церкви Святой Екатерины Александрийской в Хук Страатене. Однако Орден под руководством короля испанского так и не стал международной рыцарской организацией. Этому противились и обозленная римская курия, и французский король, и рыцари-иоанниты (в силу вышеизложенных причин).

Во Франции король Генрих III Валуа в ноябре 1574 г. дал свое согласие на объединение тамошних каноников Святого Гроба с Орденом иоаннитов, в соответствии с решением Ватикана. Однако многие французские рыцари Гроба Господня отказались выполнить волю папы римского и своего собственного короля! При этом „сепулькриеры“ ссылались на то, что их Орден был основан не папой, а предводителем Первого Крестового похода Готфридом Бульонским (церемониальный меч, использовавшийся французскими "сепулькриерами" при посвящениях в рыцари Гроба Господня, считался ими - как когда-то иерусалимскими "канониками Гроба Господня"! - „мечом самого Готфрида“).

Факт столь вопиющего неподчинения говорил, между прочим, о крайней слабости королевской власти в тогдашней Франции, раздираемой междоусобной войной между католиками и протестантами-кальвинистами, вошедшими в историю под названием "гугенотов" (это название являлось искажением немецкого слова "айдгеноссен" - самоназвания швейцарских конфедератов,распространивших во Франции новую веру своего религиозного учителя Жана Кальвина).

Первое французское братство рыцарей Гроба Господня было основано еще в начале XVI века в Париже. К вступлению в него допускались не только лица дворянского происхождения, но и заплатившие достаточно крупный денежный взнос горожане (причем в Орден можно было вступить и по доверенности!).

Так, гражданин Марселя Жан Буазон был посвящен в рыцари Гроба Господня по доверенности за своего друга Франсуа Серси, никогда не совершавшего паломничества в Иерусалим! В 1615 г. группа французских рыцарей Гроба Господня избрала Великим Магистром Ордена Шарля де Гонзага, герцога Неверского (ставшего в 1627 г. Суверенным герцогом Мантуанским).

Рыцарям „папской ветви“ Ордена Гроба Господня Ватикан пожаловал целый ряд привилегий – титул палатина, или пфальцграфа (лат.: comes palatinus), старшинство над членами всех прочих рыцарских Орденов, кроме Ордена Золотой Шпоры (Золотого рыцарства) и Ордена Золотого Руна); право узаконивать внебрачных детей (!), изменять данные им при крещении имена, миловать осужденных на смерть на пути к эшафоту. Кроме того, папы пожаловали рыцарям „своего“ Ордена Гроба Господня право присоединять орденский „иерусалимский крест“ к своим родовым гербам и именоваться во всех официальных документах „рыцарями Святого Гроба Господня“.

В 1847 г. папа римский Пий IX даровал латинскому Патриарху Иерусалимскому право посвящать достойных кандидатов в рыцари Святого Гроба от имени папы.