Пограничная стража учреждена с целью воспрепятствования ввозу из-за границы товаров, не оплаченных установленной пошлиной (контрабанда), а также тайному переходу через границу лиц, желающих по каким-либо причинам избежать таможенного контроля. С 1724 года Пётр Великий, установив высокие пошлины на заграничные фабрикаты, для устранения контрабанды учредил вдоль польской границы по большим дорогам заставы и велел иметь разъезды для задержания следующих сторонними путями и отбирания обнаруженных при них товаров.

После смерти Петра Великого, с ослаблением покровительственной системы, остановилось и развитие пограничного надзора. В 1741 году по повелению императрицы Елизаветы не только была восстановлена покровительственная система, но и таможенный досмотр перенесён к самой границе. Вместе с тем в 1751 году установлено иметь, кроме уже существовавших разъездов от форпостных команд, таможенных объездчиков, составивших как бы вторую линию пограничного надзора. Императрица Екатерина II, издав в 1753 году указ «об учреждении новой таможенной цепи и стражи для отвращения тайного привоза товаров», учредила таможенную пограничную стражу из надзирателей (чиновников) и объездчиков. Последние набирались из вольных людей, причём от них требовались надёжные поручительства.

Ввиду необходимости усиления надзора за границей в военном отношении, в 1811 году было издано «Положение об устройстве пограничной казачьей стражи», по которому на каждые 150 вёрст западной границы назначалось по одному Донскому казачьему полку; из местных же объездчиков формировались пешие команды пограничной стражи. Всего на западной сухопутной границе находилось 1300 объездчиков, 40 надзирателей и 40 помощников; на морской границе таможенная стража распределялась: на берегах Балтийского и Белого морей — 600 объездчиков, 45 надзирателей и 45 помощников, а на берегах Чёрного и Азовского морей — 200 объездчиков, 8 надзирателей и 8 помощников. Кроме того, при некоторых таможнях содержались на море и по рекам вооружённые катера (с 1747 года) и шлюпки под управлением морских офицеров.

С 1822 года пограничную стражу повелено было пополнять исключительно из воинских чинов, преимущественно кавалеристов, а казачьи части снять с пограничной черты и протянуть позади таможенной стражи на расстоянии от 3 до 5 вёрст от неё, чтобы казаки составили вторую линию пограничного надзора.

Вдоль границы, на расстоянии 6 вёрст один от другого, были построены казённые дома для чинов стражи, а пространство между этими домами (кордонами) оборудовано биваками из шалашей. Благодаря такой мере пограничная стража приобрела более воинственный вид и выправку. Новое «Положение об устройстве пограничной таможенной стражи» 1827 года установило и воинское внутреннее устройство: стража была разделена на бригады, полубригады и роты, подчинённые начальникам таможенных округов. Во главе этих частей поставлены военные начальники. Бригады и полубригады, в свою очередь, подразделялись на роты, а роты — на отряды, причём только последние состояли под командой таможенных (гражданских) чинов. Чины комплектовались из кавалерийских и пехотных полков. Численность пограничной стражи составляла: 37 офицеров, 276 чиновников и 3282 нижних чина, из которых 2018 — конные.

Пограничная таможенная стража в то время располагалась по берегам Белого моря, сухопутной границе с Финляндией, побережью Финского залива и Балтийского моря, по границе с Пруссией, Царством Польским, Австрией, Турцией и далее по берегам Чёрного и Азовского морей, примерно до города Новороссийска. В Закавказском крае, по границе с Турцией и Персией, на Чёрном и Каспийском морях (морской пограничный надзор) и в Сибири более или менее правильная организация надзора была установлена значительно позже.

Пограничный надзор за европейской пограничной чертой делился между 13 таможенными округами, в которых располагались 10 бригад, 1 полубригада и 2 отдельные роты пограничной стражи. В 1832 году со второй линии сняты казаки, и учреждена вторая линия таможенной пограничной стражи на прусской и австрийской границах; одновременно усилена первая линия. В том же году пограничная таможенная стража переименована в пограничную стражу, на которую возложена и карантинная служба.

На Чёрном море в 1831 году установлено крейсерство военных судов вдоль берегов Абхазии, а также в Каспийском море. В Закавказском крае по береговой границе обоих морей введены таможенные вооружённые суда. В 1836 году начата постройка 10 судов по образцу мальтийских, с экипажами из Азовского казачьего войска; на Каспии построена вооружённая таможенная Яхта «Марфа».

С 1827 года начинается охрана сухопутной границы в Закавказье, где постепенно учреждается кордонная стража. В 1836 году по Высочайшему повелению на прусской границе в поддержку страже расположены Нарвский гусарский полк и 11-я лёгкая батарея 1-й полевой артиллерийской бригады — мера, вызванная массовыми нападениями прусских вооружённых контрабандистов.

В 1846 году бригадные, полубригадные и ротные командиры получили таможенный надзор за границей, а надзиратели и их помощники (гражданские лица) заменены офицерами. Для этого 282 надзирателя и помощника, ранее служивших офицерами, переименованы в соответствующие чины. В 1859 году надзиратели и помощники переименованы в отрядных офицеров, а полубригады обращены в бригады.

С 1861 года пограничная стража начала комплектоваться рекрутами на общих с регулярными войсками основаниях. В 1875 году повелено переименовать роты пограничной стражи в отделы, а командирам отделов присвоить звание подполковников.

С 1882 года постепенно учреждаются 5 бригад пограничной стражи в Закавказье. Реорганизация кавказской стражи завершена в 1896 году, после чего казачьи войска окончательно освобождены от пограничной службы. В 1894 году начато формирование 2 бригад стражи в Туркестанском крае и Закаспийской области.

До 1892 года пограничную службу в Сибири на дальневосточной границе несла охранная стража, состоявшая из 20 конных сотен, 20 пеших рот и 6 батарей. В 1892 году образован особый Заамурский пограничный округ, состоявший из 55 сотен, 55 рот и 6 батарей, сведённых в 4 бригады. В 1909 году сотни и роты объединены в 6 пеших и 6 конных полков.

В 1893 году пограничная стража выделена в отдельный корпус под управлением командира корпуса. Министру финансов присвоено звание шефа стражи. С 1899 года стража окончательно приобрела военное устройство, с назначением военных начальников округов.

К 1913 году пограничная стража включала бригады:

• 1-й округ: Беломорский отдел, 1-я Санкт-Петербургская им. Александра III, 2-я Ревельская, 3-я Оренбургская;

• 2-й округ: 4-я Рижская, 5-я Гражддинская, 6-я Таурогенская, 7-я Верхнедвинская, 8-я Гродненская;

• 3-й округ: 9-я Лодзинская, 10-я Ратинская, 11-я Александровская, 12-я Калишская, 13-я Влоцлавская, 14-я Ченстоховская, 15-я Новорадомская;

• 4-й округ: 16-я Сандомирская, 17-я Томашовская, 18-я Волынская, 19-я Волочиская, 20-я Хотинская;

• 5-й округ: 21-я Скулянская, 22-я Измаильская, 23-я Одесская, 24-я Крымская, Керченский отдел;

• 6-й округ: 25-я Черноморская, 26-я Карсская, 27-я Эриванская, 28-я Елизаветпольская, 29-я Бакинская;

• 7-й округ: 30-я Закавказская, 31-я Амударьинская;

• Заамурский округ: отдельные части.

Для морского надзора имелись суда:

• Балтийское море: крейсерские яхты «Роксана», «Евтропа», «Командор», «Афганец», «Орест», «Стрелец», «Козлица»;

• Белое море: гребные суда и 3 моторных катера;

• Чёрное море: крейсеры «Коршун», «Беркут», «Ястреб»;

• Каспийское море: крейсер «Часовой», Яхта «Дерзкая».

Пограничная стража участвовала в Крымской войне (1854–1856), подавлении польских восстаний (1831, 1863), Русско-японской войне (1904–1905). Особо отличились заамурские части: 1-й конный полк получил Георгиевский штандарт за атаку под Вафангоу, 19-я рота 4-й бригады прославилась обороной люнета у деревни Маступь под Ляояном. Из 334 защитников в живых осталось 9 человек, но ни один не сдался в плен.