Лишь с этого времени Орден иоаннитов приобрел самостоятельное значение в Северной Германии. Области Саксония, Марка и Вендланд ("Земля вендов"), то есть позднейшие земли Бранденбург, Мекленбург, Брауншвейг и Померания, были подчинены "Генеральному прецептору" Ордена иоаннитов, именовавшемуся в грамотах на немецком языке "Мастером (Магистром) Ордена" (Meister des Ordens). К нему обращались "Господин Магистр", что звучало по-немецки "Герр Мейстер" (Herr Meister). Постепенно из этого обращения образовался специфический титул "Герренмейстер" (Herrenmeister), что может быть переведено на русский язык и как "Магистр господ (рыцарей)".С этого времени маркграфы Бранденбургские из рода Асканиев (а затем – и из пришедших на смену Асканиям династий Виттельсбахов и, наконец, Гогенцоллернов) считались суверенами Ордена иоаннитов в своих северогерманских владениях. Летом 1415 года, римско-германский Император Сигизмунд, даровав маркграфу Бранденбургскому и бургграфу Нюрнбергскому Фридриху фон Цоллерну (Гогенцоллерну) сан курфюрста (князя-электора, имевшего право участвовать в избрании римско-германского Императора) "Священной Римской Империи германской нации" ("Первого рейха"), приказал Магистру иоаннитов (Герренмейстеру) принести маркграфу Бранденбургскому вассальную присягу (оммаж), хотя, по уставу Ордена Святого Иоанна, верховным сюзереном Ордена считался не какой-либо светский государь, но исключительно папа римский, а главой – Великий Магистр (Гроссмейстер) иоаннитов, чья резиденция находилась в то время на острове Родос.

Данный прецедент положил начало особому статусу Бранденбургского баллея, или бальяжа (Balley или Ballei Brandenburg) в рамках Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.

Среди ряда комменд, или командорств, принадлежавших Ордену на Севере Германии, ни одна не имела статуса его главного владения в данном регионе. Даже первая по времени образования иоаннитская комменда – Вербен – лишь ненадолго сохранила свои ведущие позиции.

Герренмейстер в своей деятельности не опирался на какую-то определенную комменду, как на свою резиденцию. Великий приор Германии регулярно объезжал отдельные орденские владения, не останавливаясь подолгу ни в одном из них. Бранденбургский бальяж, в соответствии с требованиями орденского Устава, несомненно, принимал участие в заседаниях Генерального капитула Ордена Святого Иоанна на Родосе, однако документальных свидетельств такого участия не сохранилось.

Иоанниты Северной Германии, являясь аристократическим братством в духе своего времени, наряду с духовным окормлением паствы силами орденских священников и социальным служением (в его средневековом понимании) отдавали много сил культивации своих земельных владений и подавали светским подданным своего суверена практический пример верного служения, в том числе и на поле брани (в их обязанности вассалов маркграфа входила и военная служба – в течение определенного числа дней в году). Бранденбургскому бальяжу иоаннитов, в отличие от их другого, Геймбахского, бальяжа, учрежденного 11 июня 1382 года, удалось обеспечить себе достаточно независимое положение от Великого Приорства Германского.

Так, например, Бранденбургский бальяж добился права самому назначать своих коммендаторов (комтуров или командоров). Постепенно он становился все более автономным от Великого Магистра и правительства Ордена Святого Иоанна на Родосе. С аналогичным процессом Ордену госпитальеров пришлось столкнуться и в других частях Европы, по мере усиления национально-государственного принципа в конце XIV- начале XV вв. Сходное развитие проделали и бальяжи Немецкого (Тевтонского) Ордена Пресвятой Девы Марии, с которым у иоаннитов в Северной Германии и без того было немало точек соприкосновения.

Кстати, возникновение Тевтонского Ордена было теснейшим образом связано с иоаннитами. "Тевтонский дом (госпиталь)" в Иерусалиме был первоначально подконтролен Великому Магистру иоаннитов. Когда же "Тевтонский дом" был преобразован в самостоятельный духовно-рыцарский Орден, он принял устав иоаннитов в части, касавшейся благотворительности и ухода за больными. Так, один из "гебитигеров", или "гроссгебитигеров" ("Великих Повелителей", т.е. высших должностных лиц) Тевтонского Ордена именовался "Великим Госпиталарием (Госпитальером)". Когда римско-германские Императоры совершали дарения в пользу Тевтонского Ордена, иоанниты всегда выступали в качестве свидетелей дарения (как, например, иоаннитский провинциальный магистр южноитальянской области Апулии в 1231 году).

Немецкие иоанниты, сильно задолжавшие кредиторам в связи со своим участием во втором походе Императора Карла IV Люксембургского на Рим в 1386 году (причем финансовое положение всего Ордена Святого Иоанна в целом стало крайне напряженным вследствие огромных расходов на строительство новых оборонительных сооружений на острове Родос), были вынуждены в 1370 году продать Тевтонскому Ордену иоаннитские владения Шенек и Вартенберг в Помереллии.

Вскоре после этого между обоими духовно-рыцарскими Орденами произошел конфликт, уладить который тщетно пыталась папская курия. Особую остроту конфликт между тевтонами и иоаннитами достиг в восточногерманской области Новая Марка. Рыцари-тевтоны силой отняли у иоаннитов госпиталь (странноприимный дом) Цантох. В ответ иоанниты отняли у тевтонов их владение Кварчен и были даже вынуждены образовать против тевтонских рыцарей единый фронт совместно с поляками и даже (трудно поверить, но факт!) – с еретиками-гуситами, заклятыми врагами римских пап и католической веры! Этой "файде" (типично феодальной усобице) между обоими Орденами был положен конец только заключением Мариенбургского договора 1435 года, при посредничестве венгерского короля и римско-германского Императора Сигизмунда, маркграфа Иоганна Бранденбургского и герцога Фридриха Мейссенского.

Сам факт, что "Орден иоаннитов в Бранденбурге" (то есть Бранденбургский бальяж, являвшийся всего лишь местным подразделением Великого Приорства Германского, являвшегося, в свою очередь, лишь ограниченным пределами средневековой Германии локальным подразделением Ордена Святого Иоанна!) при заключении данного мирного договора выступал в качестве равноправного партнера с Верховным Магистром всего Тевтонского Ордена и тремя светскими государями (Императором, маркграфом и герцогом) доказывает, как далеко данный иоаннитский анклав в Северной Германии продвинулся по пути автономии и фактической независимости от центрального орденского правительства на Родосе.

С этого момента между бывшими конкурентами – северогерманскими иоаннитами и Тевтонским Орденом – сложились тесные партнерские отношения, все более укреплявшиеся по мере ослабления могущества духовных корпораций в последующие десятилетия. В 1423 году Тевтонский Орден обменял свои испанские владения на иоаннитские владения в Германии. Примерно через 30 лет произошел аналогичный обмен итальянских и греческих владений Тевтонского Ордена на германскую недвижимость иоаннитов. В результате этих земельных разменов Тевтонский Орден постепенно сконцентрировал свои владения в Германии, а иоанниты – в Средиземноморье, составлявшем искони основу могущества Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.

В то время как Орден иоаннитов в целом оставался связанным с решением своих первоначальных задач, своей исконной территорией и исконным "театром военных действий", его Бранденбургскому бальяжу в Северной Германии удалось сохранить костяк своих владений в неприкосновенности и отстоять свою самостоятельность перед лицом общеорденского руководства.

Подлинным "отцом-основателем" независимого Бранденбургского бальяжа суждено было стать мелкому брауншвейгскому рыцарю Гебгарду фон Бортфельде, рожденному близ древнего имперского (то есть подчинявшегося непосредственно римско-германскому Императору) города Гослара. В 1318 года брат Гебгард, в возрасте 30 лет, стал иоаннитским коммендатором Брауншвейга и Гослара, а спустя всего два года – вице-магистром с правом управления всеми орденскими владениями иоаннитов в Померании, Тюрингии, Бранденбурге и "земле вендов".

В хрониках 1327 года фра Гебгард фон Бортфельде он значится уже в качестве Генерального прецептора и герренмейстера Ордена иоаннитов в северо-восточной Германии. Два года спустя он принял от римско-германского Императора Людвига Баварского (между прочим, отлученного римским папой от церкви!) герб и титул "имперского аббата». Таким образом, с санкции верховной светской власти, было официально основано самостоятельное владение иоаннитских Герренмейстеров в Бранденбурге! С этим положением, пусть не сразу, но со временем были вынуждены смириться как Великое Приорство Германское, так и верховное руководство Ордена Святого Иоанна на Родосе. В 1341 года брата Гебгарда фон Бортфельде сменил на посту Герренмейстера Бранденбургского бальяжа иоаннитов брат Герман фон Вереберге, объединивший комменды Немеров и Вербен. Бортфельде же был отправлен на покой в комменду Темпельбург, ранее принадлежавшую тамплиерам (о чем свидетельствует само ее название, означающее "Замок храмовников").

Ордену Святого Иоанна Иерусалимского в целом становилось все труднее удерживать под своей властью орденские владения, разбросанные на больших расстояниях друг от друга по всему христианскому миру, и заставлять своих местных должностных лиц, занятых прежде всего решением локальных задач, строго следовать указаниям и инструкциям центрального Орденского правительства и регулярно высылать деньги на остров Родос. Обе стороны приводили немало аргументов в пользу доказательства собственной правоты, но никак не могли прийти к согласию. С конца XIV века характерным для внутриполитической ситуации всей Германии стало следующее явление. Владетельные князья, формально считавшиеся вассалами римско-германского Императора, начали переходить к насильственному подчинению городов и вассалов своей непосредственной власти.