Сохранить во владении Орденскую комменду в Брауншвейге удалось лишь согласившись на введение там кондоминиума (совместного управления) Герренмейстера и членов семейства герцогов Брауншвейгских. В Мекленбурге иоаннитам не осталось ничего другого, как в 1593 году уступить тамошнюю богатую комменду герцогам Шверинским, номинально признавших себя "ленниками (вассалами) Ордена Святого Иоанна". На все возражения Великого Приора Германского, пребывавшего в Гейтерсгейме, бранденбургские иоанниты неизменно отвечали, что в столь беспокойные времена лишь поддержка сильной власти светских государей сможет обеспечить Ордену иоаннитов гарантию на будущее, и поэтому ссориться с ними не следует.

В правление курфюрста Бранденбургского Иоганна Сигизмунда его сын Иоганн Георг, избранный в 1616 году Герренмейстером иоаннитов, получил от римско-германского Императора Рудольфа II Габсбурга в лен герцогство Егерндорфское в Силезии, отошедшее, после пресечения бранденбургско-франконской линии, к Курмарку. Герренмейстер, перешедший в Силезии в протестантизм в его уже не лютеранской, а более "радикальной" реформатской разновидности, принял участие в положившем начало  религиозной Тридцатилетней войне Богемском восстании против Габсбургов и в неудачной для протестантов Белогорской битве под Прагой в 1620 году. После того, как католическая армия полководца "Священной Римской Империи германской нации" графа Иоганна Церкласа фон Тилли нанесла сокрушительное поражение протестантам, победоносные Габсбурги объявили мятежного Герренмейстера иоаннитов изменником и отняли у него герцогство Егернсдорф, а у возглавляемой им ветви Ордена Святого Иоанна – владения Одерберг и Бейтен. Герренмейстеру Иоганну Георгу грозило низложение, но смерть от последствий ранения спасла его от этого позора.

Курфюрст Бранденбургский Георг Вильгельм, чьи земли были страшно опустошены в ходе Тридцатилетней войны, в отличие от своих предшественников, решил не назначать герренмейстером "своих собственных" иоаннитов принца из дома Гогенцоллернов. Он сделал главой иоаннитского Бальяжа Бранденбургского своего государственного министра графа Адама фон Шварценберга (его портрет изображен на иллюстрации). Хотя последний и был католиком, он, тем не менее, проявил редкую для того времени терпимость к иноверию и, храня верность своим предвыборным обещаниям, сохранил конституцию подчиненной ему части Ордена Святого Иоанна в полной неприкосновенности.

Герренмейстер бранденбургских иоаннитов граф фон Шварценберг, стремясь к улучшению отношений между своим бальяжем и Верховным Приорством Германским, сообщил в Гейтерсгейм (резиденцию германского Великого Приора) о своем избрании (чего не делали его предшественники, хотя это и полагалось по Уставу). С одной стороны, Великий Приор Германский в высшей степени одобрительно отнесся к подобному выражению лояльности со стороны Бранденбургского бальяжа; с другой стороны, он не замедлил потребовать причитавшихся Великому Приорству денег, которые, однако, получил не сразу и не в полном объеме. В 1640 году Герренмейстер граф фон Шварценберг, с одобрения Великого Приора, назначил своего сына коадъютором. Однако "Великий Курфюрст" Бранденбургский Фридрих Вильгельм, взявший в свои руки бразды правления в год смерти Шварценберга, отказался утвердить его сына в должности герренмейстера.

Вестфальский мир, которым в 1648 году завершилась кровопролитная Тридцатилетняя война, до предела истощившая Германию и всю тогдашнюю Европу, ознаменовался для Бранденбургского бaльяжа значительными территориальными потерями. Бранденбургские иоанниты лишились мекленбургских комменд Миров и Немеров. Им пришлось уступить померанскую комменду Вильденбрух победоносным шведам. Многочисленные владения и "орденские дома" оказались разоренными в ходе военных действий. Резко сократилась и численность членов Ордена. Тем не менее, в параграфе 3 статьи 12 Оснабрюкского мирного договора, было особо оговорено право покровительства (jus patronatus) курфюрстов Бранденбургских "над Орденом иоаннитов" (причем именно в такой общей формулировке, без каких-либо региональных ограничений, хотя в подписании мира участвовали католический римско-германский Император из династии Габсбургов, папский Святейший престол и сам "головной" католический Державный Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты!). Курфюрст отклонил предложенный ему титул Герренмейстера "своих" иоаннитов, пост которого на протяжении одиннадцати лет оставался вакантным.

Наконец, в 1652 году курфюрст назначил Герренмейстером князя Иоганна Морица фон Нассау-Зигена, опытного военачальника, оказавшегося не менее опытным хозяйственником, превратившим орденские командорства Бранденбурга в образцовые "культурные" хозяйства.

В последние годы правления курфюрста должность Герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти Герренмейстерами избирались поочередно сыновья "Великого Курфюрста" от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор Герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих III, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения Герренмейстеров в должность (см. его портрет на иллюстрации).

Курфюрст Фридрих III Гогенцоллерн, короновавшись в 1701 году первым прусским королем под именем Фридриха I, сразу после коронации учредил в Кенигсберге орден Черного Орла. Первым кавалером первого прусского королевского ордена стал Герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиугольным белым иоаннитским (мальтийским) крестом (с "ласточкиными хвостами" на концах), золотыми монограммами "МС" ("Markgraf Carl") между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский №19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым восьмиугольным иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовно-рыцарского братства в династический орден Прусской короны.

В правление "солдатского короля" Фридриха Вильгельма I в Берлине было начато строительство нового орденского замка прусских иоаннитов. В первые годы правления Фридриха Великого иоаннитам королевским указом 1745 году было высочайше дозволено увенчать свой орденский крест прусской королевской короной "в знак признания их испытанной верности Прусскому Королевскому Дому».

Заметим в скобках, что столь тесной связи с Прусским Королевским Домом, как у иоаннитов, у Тевтонского (Немецкого) Ордена – вопреки измышлениям позднейших фальсификаторов истории! – не существовало никогда! Комменды и Герренмейстер бранденбургских иоаннитов верно несли военную службу королю Пруссии в Силезских войнах и в Семилетней войне. Тем не менее, после гибели коммендатора бранденбургских иоаннитов принца Луи Фердинанда Прусского от палаша наполеоновского кирасира в бою с французами под Заальфельдом и разгрома прусских армий под командованием двух других иоаннитских коммендаторов - герцога Брауншвейгского и князя фон Гогенлоэ – Наполеоном I Бонапартом под Иеной и Ауэрштедтом в роковом для Пруссии 1806 году, в условиях острейшей нехватки финансовых средств, король Фридрих Вильгельм III был вынужден 30 октября 1810 года распорядиться о секуляризации всех владений церкви, монашеских и духовно-рыцарских Орденов. Тем самым Орден иоаннитов лишился источников к существованию в Бранденбургской марке.

Королевским эдиктом от 23 января 1811 года полномочия Герренмейстера и капитула иоаннитов перешли к прусской короне и были аннулированы. Учрежденный вместо упраздненного Бальяжа Бранденбургского 23 мая 1812 года "Королевский Прусский Орден иоаннитов" (Koeniglich Preussischer Johanniter Orden) стал простым объединением бывших членов Бранденбургского бальяжа, как физических лиц, чем-то в роде "закрытого клуба ветеранов", не занимавшегося никакой практической деятельностью. Во главе "Королевского Прусского Ордена иоаннитов" стоял принц Дома Гогенцоллернов, в течение последующих 40 лет носивший титул "Гроссмейстера" ("Великого Магистра"). На протяжении всего периода существования "Королевского Прусского Ордена" иоаннитский крест оставался формально включенным в систему прусских государственных наград, занимая в прусской наградной иерархии место после ордена Красного Орла, хотя реально новых награждений им не проводилось.

По прошествии сорока лет Орден иоаннитов был восстановлен в Пруссии как рыцарский (но уже не духовно-рыцарский) институт, вернувшийся к своим первоначальным целям христианской благотворительности и милосердия – помощи больным и убогим. Вскоре прусский Орден иоаннитов (по старой памяти, именовавшийся также "Бранденбургским бальяжем") содержал уже десятки больниц и странноприимных домов. Его главой снова стал не "Гроссмейстер", а Герренмейстер, а верховным протектором – прусский король (являвшийся с 1871 года, года объединения Германии, также германским Императором).

Члены прусского Ордена иоаннитов подразделялись на:

1) коммендаторов и почетных коммендаторов, входивших, наряду с "Капитаном Ордена (орденсгауптманом)", то есть старейшим из рыцарей Ордена (Ordenshauptmann), и орденскими чиновниками, в Орденский Капитул под председательством Герренмейстера;

2) "рыцарей (по) справедливости" (Rechtsritter), приносивших при вступлении в Орден иоаннитов уставные обеты и принимавшихся в Орден с соблюдением всех необходимых формальностей, включая инвеституру, посвящение в рыцари троекратным ударом меча в Зонненбурге и т.п.;

3) "рыцарей чести", или "почетных рыцарей" (Ehrenritter).

Таким образом, в отличие от преимущественно католического (Мальтийского) Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, структура преимущественно протестантского прусского рыцарского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского Госпиталя была гораздо проще – в нем не существовало степеней капитулярных и конвентуальных бальи, бальи Большого Креста, бальи, "рыцарей милосердия" (принимавшихся в Орден "из милости", хотя они не удовлетворяли требованиям орденского Устава), "магистральных рыцарей" (принимавшихся в Орден по прямому указанию Великого Магистра), "обетных рыцарей", "облатов", донатов (жертвователей) и т.д.

Никто из прусских иоаннитов не мог стать "рыцарем (по) справедливости", не будучи евангелического (лютеранского) исповедания и не пробыв предварительно установленное число лет членом Ордена иоаннитов в степени "рыцаря чести (почетного рыцаря)".

Вопрос о приеме новых членов решался Орденским капитулом; при этом играли важную роль знатность рода, безупречный образ жизни, возраст (не моложе 30 лет) и социальное положение. Каждый "рыцарь чести" при вступлении в прусский Орден иоаннитов уплачивал вступительный взнос в сумме 1000 марок, после чего уплачивал ежегодный взнос в размере 60-90 марок, но уже не в центральную орденскую кассу, а в кассу того Орденского товарищества (Ordens-Genossenschaft), в которое входил по месту жительства. Орден иоаннитов имел 15 таких товариществ во всех прусских провинциях, а также в других германских землях – Вюртемберге, Мекленбурге, Гессене, Саксонии и Баварии.