Такое поведение князей вынуждало комтуров (командоров) Ордена Святого Иоанна в Северной Германии приноравливаться к местным обстоятельствам, тем более что Орденское руководство иоаннитов с далекого Родоса, занятое отражением постоянных нападений на остров турецкого флота, не могло оказать им своевременной и эффективной правовой поддержки (не говоря уже о поддержке иного рода). Путем искусного лавирования северогерманским иоаннитам удавалось избежать в лучшем случае экономического ущерба вследствие утраты недвижимости, которую светские территориальные князья угрожали конфисковать в случае неподчинения.

Почти неизбежным следствием подобного положения было неуклонное ослабление у немецких иоаннитов чувства сопричастности и связи с правительством Ордена Святого Иоанна на далеком Родосе – тем более, что Орден только требовал со своих структур, расположенных в Германии, денег, денег и еще раз денег, ничего не давая взамен, а представления о наличии какой-то общеорденской задачи, объединяющей всех иоаннитов христианского мира, становились все более размытыми. Таким образом, Бранденбургский бальяж иоаннитов стал чем-то вроде передового поста госпитальерского рыцарского братства, угрожавшего полностью отделиться от Германского "ланга" ("языка", или "нации") Ордена Святого Иоанна. Путем земельного размена и скупки недвижимости Бранденбургский бальи иоаннитов пытался укрепить свои позиции перед лицом неуклонно возраставшего могущества его светского сюзерена – маркграфа Бранденбургского. Бальи в немалой степени помогло то обстоятельства, что иоаннитам удалось унаследовать богатые владения, конфискованные у распущенного Ордена тамплиеров.

Однако маркграф Бранденбургский, невзирая на папский указ о передаче всех бывших владений тамплиеров, расположенных на его землях, рыцарям-иоаннитам, наложил на арестованное тамплиерское имущество секвестр и позволил "своим" иоаннитам вступить во владение этим имуществом не ранее, чем Бранденбургский бальяж пошел на большие уступки маркграфу, что было впервые закреплено Кремменским договором 1318 года. В случае конфликтов и имущественных споров между Бранденбургским бальяжем и Великим Приорством Германским Ордена Святого Иоанна последнее также имело средство для оказания давления на строптивый бальяж. Как упоминалось выше, сильно задолжавший кредиторам Орден Святого Иоанна был вынужден постепенно распродавать свои владения. Великое Приорство Германское стало угрожать своему Бранденбургскому бальяжу пустить на продажу бранденбургские владения иоаннитов в случае, если бальяж будет настаивать на своей автономии и откажется подчиниться центральному Орденскому руководству госпитальеров.

Бранденбургскому бальяжу пришлось подчиниться и 11 июня 1382 года заключить с Великим Приорством Германским Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Геймбахский договор, воспрещавший дальнейшую продажу орденских владений. Со своей стороны, бальяж по этому договору вновь подчинялся Великому Приорству Германскому и вновь признавал за последним право визитации (посещения комтурий бальяжа с проверкой отчетности), а также право Великого Приора Германского утверждать в должности орденских офицеров (чиновников) в пределах Бранденбургского бальяжа. Тем не менее, бальяж сохранил довольно широкую самостоятельность. Великое Приорство Гермаское было вынуждено признать автономию Герренмейстеров в пределах Бранденбурга. Со временем Бранденбургский бальяж возобновил самостоятельные выборы комтуров, нимало не заботясь об их утверждении в должности Великим Приорством Германским, и уж тем более Великим Магистром иоаннитов на Родосе!

Однако у бранденбургских иоаннитов было немало иных причин для обеспокоенности, вызванных отсутствием у них поддержки более сильного партнера и покровителя. В конце XIV века Бранденбургскую марку охватили внутренние смуты и междоусобные конфликты. Так, граждане города Бана в ходе "файды" с бранденбургскими иоаннитами в 1399 году пленили в бою Герренмейстера иоаннитов Детлева фон Вальмеде и торжественно обезглавили его при большом стечении народа. Иоаннитский коммендатор фон Рор был сброшен восставшими горожанами с церковной колокольни. Поэтому иоанниты могли только приветствовать прибытие в Марку нового маркграфа Бранденбургского – нюрнбергского бургграфа Фридриха фон Цоллерна (Гогенцоллерна) в 1411 года, железной рукой восстановившего в своих владениях закон и порядок, в чем ему усердно помогали бранденбургские иоанниты, оказавшиеся в полной зависимости от Гогенцоллернов, как своих новых светских сюзеренов. Но и маркграф, со своей стороны, пошел навстречу иоаннитам, уступив им по сходной цене замок и город Зонненбург.

С тех пор в Орденской церкви Зонненбурга на протяжении столетий проводилась церемония инвеституры (посвящение в рыцари-иоанниты). Никто в Бранденбурге не мог стать иоаннитским "рыцарем (по) справедливости", не пройдя в этой Орденской церкви посвящение "тремя ударами меча". После утраты Зонненбурга, в результате поражения Германии во Второй мировой войне отошедшего к Польше, эта Орденская традиция была возобновлена в западногерманской церкви комменды иоаннитов Нидервейзель, где 29 июня 1963 года произошла первая послевоенная инвеститура (посвящение в рыцари Ордена).

С 1426 года в замке Зонненбург находилась резиденция Бранденбургского бальи иоаннитов. В настоящее время, наряду с бывшей Орденской церковью, там сохранилось административное здание Орденского правительства, перестроенное Герренмейстером Иоганном Морицем князем Нассауским (1652-1679 гг.), фасад которого украшен надписью "Правительство и Магистрат Мальтийского Ордена Св. Иоанна" (St. Johanniter Maltheser Ordens Regierung und Magistrat). Надпись свидетельствует о том, что, невзирая на имевшие в тому времени место конфессиональные различия и широчайшую автономию Бранденбургского бальяжа, бранденбургские иоанниты продолжали ощущать себя составной частью общеевропейского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты.

Орденская управа (Ordensamt) Зонненбург владела 28 381 моргенами земли. В состав ее владений в 1802 году входили города Гейнерсдорф, Лауков, Лимериц, Маусков, Меков, Эниц, Кришт, Прибров и Требов. Наряду с Орденскими управами Рампиц, Грюнеберг, Коллин, Фридланд и Шенкендорф, Зонненбург относился к числу орденских владений, с которых получал свои доходы (респонсии) Герренмейстер. После восстановления бальяжа в Пруссии в Зонненбурге в 1858 года была основана одна из первых орденских больниц на 48 коек, рассчитанных, по решению Капитула, на 36 больных и 12 смертельно больных, с детским отделением на 12 дополнительных коек.

В 1415 году Герренмейстер приобрел Бранденбургскому бальяжу в собственность новую комменду Швибус и, имея поддержку в лице энергичного маркграфа, на верность которому он предусмотрительно присягнул, стал править из орденской резиденции в Зонненбурге наподобие светского владетельного князя. Отчуждение Бранденбургского бальяжа от Германского "языка" Ордена Святого Иоанна к тому времени зашло уже так далеко, что Великий Приор Германский по всей форме потребовал упразднить Бранденбургский бальяж, как не выполняющий свои уставные задачи. Однако позиции последнего в Бранденбурге настолько укрепились, что требование Приора не возымело должного эффекта. В 1460 года курфюрст Бранденбургский Фридрих II Железный своей жалованной грамотой утвердил "Орден иоаннитов в Бранденбурге" (назвав его именно Орденом, то есть самостоятельной духовно-рыцарской организацией, а не "бальяжем"!) во владении 70 городами, селами и имениями, расположенными в его владениях.

В таком положении Бранденбургский бальяж Ордена иоаннитов находился до момента, когда в Германии разразилась антикатолическая Реформация. Военный поход Герренмейстера в 1527 года на поляков, захвативших орденский замок бранденбургских иоаннитов Мезериц, был прерван курфюрстом Бранденбургским Иоахимом по соображениям высшей политики. По требованию курфюрста, не желавшего ссориться с поляками, иоаннитскому войску пришлось отступить. В результате раздела Бранденбургского наследства в 1535 году маркграф Иоганн получил во владение Новую Марку (Неймарк) и стал тем самым новым покровителем всех иоаннитов Северной Германии.

Этот расчетливый и экономный государь, типичный протестант (тогда еще только по духу; его формальный переход в лютеранскую веру состоялся тремя годами позже), стремился не к сиюминутным выгодам, а к обеспечению своих долгосрочных, стратегических интересов. Он не помышлял о конфискации владений иоаннитов и роспуске их Ордена хотя бы потому, что думал обратить себе на пользу неприкосновенность орденских владений. Маркграф с полным основанием рассматривал Герренмейстера иоаннитов как богатейшего из своих вассалов, способного извлекать пользу для себя и для своего сюзерена из орденских владений, в том числе и расположенных за пределами Новой Марки.

Зависимость иоаннитов от их светского сюзерена наглядно проявилась и в отношении Бранденбургского бальяжа к охватившей всю Германию антикатолической Реформации. Когда маркграф Бранденбургский Иоганн в 1538 году перешел из католической веры в лютеранскую, его примеру последовал целый ряд иоаннитских комменд (первоначально – в Мекленбурге). Два комтура иоаннитов в 1544 году даже публично продемонстрировали свой переход в протестантизм, нарушив один из основных обетов Ордена Святого Иоанна – обет целомудрия - и вступив в законный брак по лютеранскому обряду. Это дотоле неслыханное среди германских рыцарей-странноприимцев открытое нарушение Орденского Устава вызвало настоящую "цепную реакцию". Невзирая на протесты Великого Приора Германского, почти все иоанниты Бранденбургской марки перешли в лютеранство (или, выражаясь по-церковному, "уклонились в лютерову ересь"), что, по сути дела, означало открытый разрыв с папским престолом, Великим Магистром на Мальте и Великим Приорством Германии, и окончательно поставило бранденбургских рыцарей Святого Иоанна в полную зависимость от светского сюзерена.

Тем не менее, никаких репрессивных или дисциплинарных мер со стороны Ватикана, Великого Магистра и Великого Приорства в отношении строптивых бранденбургских иоаннитов так и не последовало. В описываемый период времени всеми орденскими делами бальяжа от имени Герренмейстера занимался сам маркграф Бранденбургский. Полномочия же Герренмейстера ограничивались чисто административными вопросами. Сохранилось описание положения Бранденбургского бальяжа в 1550 года, обсуждавшегося на заседании капитула. В коммендах бранденбургских иоаннитов насчитывалось всего лишь по два-три "орденских брата" ("орденсбрудера"), занимавшихся исключительно хозяйственными (главным образом сельскохозяйственными) вопросами.

Визитация (посещение представителями вышестоящих орденских структур с контрольно-ревизионными целями) этих "орденских домов" происходила не чаще, чем раз в два-три года. Ежегодно 24 июня (в "Иванов день", то есть день Святого Иоанна, общеорденский праздник всех госпитальеров) комменды Бранденбургского бальяжа иоаннитов сдавали деньги в Зонненбургскую управу. Стремясь максимально привязать к себе Орден, маркграф Иоганн (Ганс) назначил своего канцлера, беззаветно преданного ему юриста Франца Наумана, коммендатором иоаннитов в новой комменде Шивельбейн, а в 1564 году добился избрания Наумана Герренмейстером (с этой целью предварительно даровав ему дворянство).

Однако новый Герренмейстер, совершенно неожиданно для своего патрона, самолично посвятившего его в рыцари, стал слишком рьяно защищать интересы бранденбургских иоаннитов, чем вызвал гнев маркграфа и даже был вынужден, будучи протестантом, бежать от преследований своего протестантского же сюзерена в Прагу, под защиту католического (!) Великого Приора Богемского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В отместку маркграф отнял у Ордена Святого Иоанна Иерусалимского владения Фридланд и Шенкендорф, на которые впоследствие тщетно претендовало Великое Приорство Богемское. Иоаннитам становилось все труднее сохранять свою власть над коммендами, расположенными за пределами Бранденбургской марки. В 1544 году комтурство Цахан, принадлежавшее Ордену Святого Иоанна с 1318 г., пришлось продать герцогу Барниму Померанскому.