Укрепления иоаннитов были превращены в груды развалин, и не хватало рук для проведения восстановительных работ. Хотя, по приказанию Великого Магистра, гарнизон Родоса был усилен за счет переброски части гарнизонов других крепостей, расположенных на о. Родос и Кос, и даже из малоазиатского Бодрума, живая сила катастрофически таяла. 27 октября открылась измена Великого канцлера д’Амараля. Был схвачен его слуга Диас (или Диец), пускавший в турецкий лагерь стрелы с привязанными к ним записками, содержавшими сообщения его господина туркам о положении в осажденном городе. На допросе "с пристрастием" выяснилось, что изменник намеревался 1 ноября, в День Всех Святых, открыть туркам тайную дверцу в стене и впустить их в город. Именно проникнув в подобную дверцу, турки в 1453 г. овладели Константинополем. 5 ноября предатели д’Амараль и Диас были казнены. Их изрешетили стрелами, на манер Святого Себастиана.

В конце ноября турки вновь пошли на штурм бастионов "лангов" Испании и Италии. И снова приступ удалось отразить. На стенах и под стенами остались лежать 3000 турецких трупов.

Хотя положение защитников Родоса все больше осложнялось, не многим лучше было и положение осаждающих. Осада длилась уже более четырех месяцев. Ряды турецкой армии редели, да и воины, остававшиеся в строю, были крайне изнурены. Приближалась зима, ощущалась нехватка съестных припасов, да и вести, поступавшие с Запада, были неутешительными для турок. Намечалось заключение договоренности между Императором Карлом V и папой с целью оказания помощи рыцарям Родоса.

И тогда турки решили пойти на хитрость. Они, в обход орденского руководства, обратились напрямую к жителям Родоса. Зная о падении духа населения вследствие голода, болезней, непрерывной канонады и страха смерти, турки осыпали город градом стрел с записками, в которых призывали жителей сдать город, обещая им в этом случае жизнь, мир, свободу, возможность беспрепятственного отправления культа и т. д. В случае отказа они угрожали родосцам всеми ужасами штурма, резни, грабежей и поголовной продажи всех уцелевших жителей в рабство.

Поначалу рыцари Родоса не желали и думать о капитуляции. Но под давлением греческого населения, направившего к Филиппу Вилье де л’ Иль-Адану депутацию во главе с православным Митрополитом Родоса Климом, иоанниты были вынуждены вступить с османами в переговоры. Было объявлено трехдневное перемирие (с 11 по 13 декабря), но родосцы требовали гарантий, что им будет сохранена жизнь. Разъяренный их дерзостью султан приказал возобновить бомбардировку и штурм города. 17 декабря туркам удалось захватить бастион испанского "языка». Штурм шел, не прекращаясь, три дня подряд. Турки захватили весь т. н. Внешний Город. Остатки гарнизона отчаянно защищались в полуразрушенной турецкой артиллерией внутренней цитадели, но их силы были уже на исходе. Родосу угрожал окончательный захват турками, что означало бы поголовную резню и обращение в рабство всех уцелевших.

22 декабря осажденные направили в лагерь султана Сулеймана депутацию, состоявшую из "латинян» и греков, объявившую о согласии принять предложенные турками условия капитуляции. Согласно этим условиям, иоаннитам предоставлялась возможность покинуть остров в двадцатидневный срок, с сохранением оружия, включая все орденские знамена и пушки (которые дозволялось использовать для вооружения галер), мощей святых и священных сосудов из родосского собора Святого Иоанна, и личного имущества (хотя рыцари-монахи, по идее, такового не должны были иметь, по Уставу их Ордена). Родосским грекам и "латинянам", не являвшимся членами Ордена Святого Иоанна и желавшим покинуть Родос, предоставлялась возможность сделать это в течение 3 лет. Турки обещали сохранить христианские церкви непоруганными, дозволяли христианам свободно отправлять богослужение и не принуждать христиан к принятию ислама. Кроме того, султан на 5 лет освободил жителей Родоса от всех налогов и податей и обещал в течение 5 лет не забирать христианских мальчиков в янычары, а девочек – в турецкие гаремы. Но, несмотря на заключение мирного договора, дело не обошлось без грабежей и насилий со стороны вошедших в город турок.

После официального подписания акта о капитуляции и обмена визитами вежливости между Великим магистром родосских рыцарей и султаном, 180 уцелевших после осады иоаннитов, в сопровождении 5000 жителей Родоса и греческого Митрополита Клима погрузились на корабли "Санта Мария", "Санта Катарина" и "Сан Джованни", а также на 30 более мелких судов и 1 января 1523 г. отплыли на остров Кандию (Крит), принадлежавший в то время Венецианской республике.

Все острова Додеканесского архипелага, не завоеванные к этому времени турками, сдались им один за другим.

Данное военное столкновение, ставшее сильнейшим испытанием боеспособности и силы духа христианских и мусульманских воинов, в общем, вылилось в кровавую мясорубку. Согласно сообщению оставшегося анонимным западного европейца, бывшего свидетелем осады, записанному 7 ноября 1522 г. , турки потеряли до 50 000, а христиане – до 2000 человек убитыми.

У этой истории был своеобразный эпилог. Турецкий наместник в Египте, Ахмет Паша, подавив восстание египтян, не смог удержаться от соблазна сделаться независимым правителем. Он составил заговор против султана Сулеймана. Эмиссары Ахмата Паши предложили папе и иоаннитам помощь в деле возвращения Родоса Ордену Святого Иоанна. Назначенный султаном турецкий губернатор Родоса, Ибрагим Ага, друг и союзник Ахмета Паши, присоединился к заговору и проявил готовность на определенных условиях сдать Родос иоаннитам. Родосские купцы также сообщали Великому магистру иоаннитов о возможности без особого труда вновь завладеть Родосом. Орден тайно направил на Родос своего посланника Антонио Бозио, вступившего в секретные переговоры с православным Митрополитом Евфимием, представителями греческой знати и турецким губернатором Ибрагимом Агой. Император Карл V, папа римский, и король Англии Генрих VIII Тюдор также обещали Великому магистру поддержку при отвоевании Родоса. Между тем в Египте был убит отложившийся от султана Ахмет Паша. Ибрагим Ага и родосские участники заговора стали также опасаться за собственную жизнь. Антонио Бозио еще несколько раз посещал с секретной миссией Родос, пока сторонники султана, имевшиеся среди турок, не раскрыли заговор. Они заменили охрану и арестовали Ибрагима Агу, Митрополита Евфимия и целый ряд других вовлеченных в заговор именитых мусульман и греков, казненных по повелению султана в 1529 г. Так иоанниты лишились последней надежды возвратить себе остров Родос.

А Родос, на протяжении 213 лет остававшийся форпостом западной политики, стал частью исламского мира. Додеканесский архипелаг воссоединился с жизненно важной для него Малой Азией. Снова православная греко-византийская культура столкнулась чуждой и потому более-менее враждебной ей культурой. Впрочем, справедливости ради следует признать, что и западная культура, насаждавшаяся рыцарями Ордена Святого Иоанна на Родосе, также всегда воспринималась Родосским простонародьем как чуждая и враждебная. Не следует забывать, что простые православные греки никогда не признавали ни попыток унии с римским католицизмом, ни западной идеологии. Даже в середине XV в. , то есть в эпоху наибольшего взаимопроникновения двух основных культур родосских горожан, то и дело происходили волнения среди сельского греческого населения. Не случайно Дж. Бозио сообщал, что масса простого люда – в отличие от греков-горожан (cittadini di Rodi, de piu scelti e principali) почти не принимала участие в обороне Родоса в 1522 г. Простые сельские жители и "периэки" почти ничего не теряли от смены власти. Кроме непосредственной угрозы погибнуть в бою или быть проданными турками в рабство вместе со своими семьями в первые дни после завоевания Родоса, им, в сущности, ничего не угрожало.

Бывшие рыцари Родоса переехали на о. Крит, а оттуда – в Италию. Там они еще некоторое время переезжали из города в город. После продолжительных споров о месте новой орденской резиденции, иоанниты решили испросить у Императора Карла V дозволения обосноваться на о. Мальта, что и было им дозволено в 1530 г. С тех пор иоанниты-госпитальеры стали именоваться также "рыцарями Мальты" или "мальтийскими рыцарями".