Тем временем положение на фронте отнюдь не улучшалось. В сентябре-начале октября 1918 года под ударами красных окончательно развалился Волжский фронт. Остатки поволжской Народной армии с боями отходили на Бугульму (каппелевцы) и Бугуруслан (чехословаки) по линии Самаро-Златоустовской железной дороги. Весь октябрь прошел в кровопролитных арьергардных боях с наседавшими красными. Сопротивление чехословацких частей большевикам становилось все более слабым. Связь с уральскими и оренбургскими "белоказаками" (по терминологии большевицких фукидидов) была нарушена. Красные взяли Уральск и Оренбург, и теперь белым приходилось сражаться на два фронта – против красных войск, наступавших с Волги и из Туркестана.

Создалась реальная угроза захвата большевиками Уфы, и Директория была вынуждена 9 октября эвакуироваться в Омск. Когда же 11 ноября 1918 года в Сибирь пришли известия о прекращении Великой войны между Центральными державами и Антантой, удержать чехословаков на фронте оказалось долее невозможным, и легионеров отправили в тыл, на охрану Транссибирской железной дороги. Другие союзники русских белогвардейцев в Сибири - польские, сербские (югославянские) и румынские военные формирования, также сражались с большевиками достаточно вяло (кроме, разве что, поляков). Американские "интервенты" вообще были заняты не борьбой с красными, а, главным образом, "строгим наблюдением" за другими, японскими "интервентами". Отныне антибольшевицкому Сопротивлению на Востоке России приходилось рассчитывать только на собственные силы.

Эвакуировавшись в Омск, Директория оказалась в плотном политическом окружении сибирских "областников". Принципиально важным становилось решение об образовании, взамен Директории, "Всероссийского Совета министров". По этому вопросу снова развернулись жаркие политические дебаты. Кандидатура каждого кандидата на министерскую должность подвергалась наитщательнейшему обсуждению. Эсеры, как обычно опасались "крена вправо", в то время как их политические противники не менее внимательно следили за тем, чтобы партийный состав правительства не "сдвинулся влево".

Утвержденный Директорией Совет министров (всего четырнадцать министров) возглавил П.В. Вологодский (единственный член Директории, вошедший в состав нового исполнительного органа общероссийской власти). Военным и морским министром стал будущий Верховный Правитель России адмирал А.В. Колчак (оказавшись в Омске проездом с Дальнего Востока на Юг России, где он собирался возглавить белый Черноморский флот, Колчак, по личному настоянию генерала Болдырева и Авксентьева, остался в Сибири).

Особой Грамотой от 6 ноября 1918 года Директория ликвидировала все областные правительства и органы вышей представительной власти. Отныне на смену "областничеству" вновь приходила Всероссийская власть. А через две недели бывший Командующий Черноморским флотом, знаменитый исследователь Арктики, вице-адмирал Александр Васильевич Колчак стал Верховным Правителем России, олицетворением Белой Идеи, подлинным рыцарем Белой Борьбы и Белой России.

Образование антибольшевицкого Восточного фронта, создание Временного Всероссийского правительства и воссоздание Российской армии сделали необходимыми его имя и популярность именно здесь. В ночь на 18 ноября в Омске произошел военный переворот, выдвинувший Колчака на вершину всероссийской власти.Всероссийский Совет министров настоял на его провозглашении Верховным Правителем России и Верховным Главнокомандующим ее вооруженных сил. Одновременно А.В. Колчак был произведен в полные адмиралы. Бело-зеленый флаг сибирских "самостийников" был заменен восстановленным в своих правах трехцветным бело-сине-красным национальным флагом Великой России, бело-зеленые ленточки на головных уборах - "старорежимными", "царскими" кокардами, столь милыми всякому истинно-русскому сердцу. В феврале 1919 года наступили сильнейшие морозы. Боевые действия замерли на линии Пермь-Уфа-Оренбург-Уральск.

После ликвидации Уфимоской директории и установления единовластия Верховного Правителя России адмирала А.В. Колчака часть партии эсеров стала придерживаться политики "ни Ленин, ни Колчак", а часть "социалистов-революционеров" начала вооруженную борьбу против "белой власти" (и в первую очередь - принялась за организацию крестьянских восстаний в Белой Сибири, население которой не успело вдоволь насладиться "прелестями" большевицкой диктатуры и потому позволяло себе возмущаться "деспотизмом" и "тиранией" Колчака, придерживаясь взглядов, изложенных в словах известной "революционной" песни:

"Бога нет, царя - не надо,

Мы урядника убьем,

Податей платить не будем

И в солдаты не пойдем"...

Очень скоро большевики взяли их "к ногтю" и "свободолюбивые" сибирские мужички взвыли под гнетом "родной народной власти", да уж поздно было...

Удерживая наличными силами горные проходы через Урал, адмирал Колчак спешно начал формировать новые части. Остатки поволжской Народной армии были отведены в тыл на переформирование. На севере фронт держала наиболее подготовленная и многочисленная Сибирская армия под командованием произведенного в генералы бывшего офицера Чехословацкого легиона, Георгиевского кавалера Радолы Гайды (Рудольфа Гейделя).

Именно Сибирской армии Гайды предстояло нанести главный удар по красным (от Перми на Вятку-Котлас) для соединения с войсками белого Архангельского фронта. Одновременно с наступлением Сибирской армии в северном направлении планировалось нанесение удара в направлении на Волгу силами Западной армии под командованием генерала М.В.Ханжина. В ходе предстоящего военного наступления белым армиям адмирала Колчака предстояло не только восстановить позиции, утраченные осенью 1918 года, но и прорвать большевицкий фронт по направлению к Москве.

Не дожидаясь весенней распутицы, неизбежно замедлившей бы ход наступления, Сибирская армия Гайды перешла в наступление 4 марта. Уже 7 марта действовавший в ее составе 1-й Средне-Сибирский корпус под командованием генерала Пепеляева штурмом взял Оханск. 8 марта 3-й Степной Сибирский корпус начал продвижение на Глазов. 6 марта перешла в наступление и Западная армия генерала Ханжина. 10 марта 2-й Уфимский корпус под командованием генерала С.Н. Войцеховского выбил большевиков из Бирска. 14 марта 3-й Уральский корпус горных стрелков под командованием генерала Р.К. Бангерского (будущего организатора латвийских добровольческих частей СС в годы Второй мировой, или, если угодно, Европейской Гражданской войны) освободил Уфу от красных.

Апрель 1919 года поистине стал периодом самых блестящих побед Российской армии в Русско-советской гражданской войне. Стремительно развивая достигнутый успех, Российской армии удалось отбросить красных за Каму и Волгу. В начале апреля Западная армия генерала Ханжина овладела Бугульмой, Белебеем и Мензелинском. Сибирская армия генерала Гайды освободила от красных Воткинск и Сарапул. Белым казачьим армиям удалось прочно блокировать Оренбург и Уральск. 12 апреля 1919 года адмирал Колчак принял решение о начале общего наступления. По этому плану Сибирской армии Гайды надлежало выйти к Казани и далее на Вятку и Вологду, на соединение с Северной Добровольческой армией генерала Е.К. Миллера. Западной армии Ханжина предстояло выйти к Симбирску и Сызрани, а затем, развивая успех, прорваться на соединение с Вооруженными Силами Юга России (ВСЮР) генерала А.И. Деникина.

С нами Бог, с нами Бог!

Красных давим мы, как блох!

Во исполнение директивы Верховного Правителя России, Российская армия начала успешное наступление на Волгу. 13 апреля Сибирская армия Гайды освободила от красных Ижевск, а Западная армия Ханжина 15 апреля овладела Бугурусланом. Оренбургская армия полностью окружила красный гарнизон в Оренбурге. К концу апреля 1919 года армии Верховного Правителя России вышли на подступы к Казани, Самаре и Симбирску, освободив от большевиков громадную территорию с важными промышленными и хозяйственными ресурсами и населением свыше пяти миллионов человек. Перед ней открывалась дорога на Москву.