Хотя в орденской крепости Ла Валетты имелись 1200 пушек, 40 000 ружей и 1 миллион фунтов пороха, Мальта располагала для своей обороны отнюдь не "сильным, хорошо обученным гарнизоном», а, даже по воспоминаниям самого Наполеона, всего восемью-девятью сотнями рыцарей, мало пригодных к военным действиям, принадлежавших к различным нациям и разобщенных между собой, подобно тому, как были разобщены обычаи и интересы тех наций, к которым они принадлежали. При этом необходимо заметить, что, упоминая в своих мемуарах о наличии на Мальте на момент высадки французов "800-900 рыцарей», Бонапарт явно лукавил или же имел в виду "списочный состав».

В орденских документах однозначно засвидетельствовано наличие на Мальте в распоряжении Великого магистра Фердинанда барона фон Гомпеша гораздо меньшего рыцарского контингента, а именно, всего 332 рыцарей. А по состоянию на 11 июня 1798 г. на Мальте фактически оставалось всего 200 рыцарей-французов, 25 испанцев, 8 португальцев, 5 рыцарей англо-русско-баварского "языка» и 4 рыцаря немецкого (германского) языка – в общей сложности 242 "рыцаря Белого Креста».

Кроме этой горстки рыцарей, барон фон Гомпеш (являвшийся, согласно самой экзотической из связанных с его личностью многочисленных легенд,...известным розенкрейцером и "чудотворцем» графом Сен-Жерменом!) имел в своем распоряжении 1800 наемных солдат – итальянцев, немцев, французов, испанцев (по большей части дезертиров или авантюристов, с тайной радостью относившихся к возможности соединить свои силы с судьбой знаменитейшего полководца Франции и всей Европы) и 800 мальтийских ополченцев.

Эти ополченцы, плоть от плоти мальтийских крестьян-аборигенов, не раз восстававших против орденской власти и чувствовавших себя оскорбленными высокомерием чуждых им по языку и крови рыцарей-аристократов, съезжавшихся на Мальту со всех концов Европы, но всегда остававшихся на острове чужаками, не испытывали особой привязанности к Ордену госпитальеров. К тому же сама организация ополчения находилась в полном небрежении, поскольку Орден давно уже не опасался вторжения на остров турок и в то же время опасался установления на нем господства коренных обитателей Мальты.

Хотя фортификационные сооружения Ордена Святого Иоанна Иерусалимского на Мальте были велики и обширны (осматривая мощные орденские форты после капитуляции, французский генерал Каффарелли даже пошутил: "Хорошо, что внутри были люди, чтобы открыть нам ворота!»), но низкий боевой дух защитников сводил их к нулю.

К тому же значительная часть орденских пушек оказалась кем-то "предусмотрительно» заклепанной еще до начала штурма, о чем еще будет подробнее сказано ниже.

Имевшиеся в распоряжении Гроссмейстера Гомпеша военно-морские силы состояли из двух галер, двух шебек, одного фрегата и двух 64-пушечных линейных кораблей (один из которых находился на стапелях).

Для сравнения, французская республиканская эскадра адмирала Брюйэса (кстати сказать, бывшего графа и офицера королевского флота!), напавшая на Мальту, насчитывала в своем составе 13 линейных кораблей (один 120-пушечный, три 80-пушечных и девять 74-пушечных), два захваченных при оккупации Венеции 64-пушечных корабля, четыре 40-пушечных фрегата, десять корветов и посыльных кораблей, служивших для охраны, и множество более мелких судов.