Этьену Пуссьельгу удалось привлечь на сторону французов, в частности, начальника мальтийской артиллерии командора де Бардоненша; директора фортификационных сооружений и водоснабжения Мальты командора де Фе и главного инженера командора де Гузара. Таким образом, измена еще до начала французского нашествия свила себе гнездо в самых высших эшелонах военного руководства Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского!

Официально масонские ложи на территории считавшегося строго католическим Мальтийского Ордена были запрещены; тем не менее, в ложу входили такие известные рыцари и должностные лица Мальтийского Ордена, как Иоганн Карл граф Коловрат-Краковский, Антуан де Лижонд, Антуан-Франсуа де Крозэ-Линсель, Джованни (Джан) Баттиста Томмази (будущий 73-й Великий Магистр Мальтийского Ордена; впрочем, Томмази во время штурма французами Мальты принадлежал к числу немногих мальтийских кавалеров, не щадя своей жизни сражавшихся с французами на бастионах), рыцари Шарль-Абель де Лора (Лорас), граф ди Акино (младший брат принца ди Акино-Караманико, являвшегося в 1773-1775 гг. "великим мастером» земельной франкмасонской ложи Неаполитанского королевства, а в 1785-1792 гг. вице-королем Сицилии; этот самый граф ди Акино, согласно показаниям известного авантюриста и "Великого Копта» египетского франкмасонства графа Калиостро (Джузеппе Бальзамо) в ходе допроса в Париже по поводу кражи бриллиантового ожерелья королевы Франции Марии-Антуанетты, был якобы "приставлен в качестве сопровождающего» к Калиостро Великим Магистром Мальтийского Ордена Мануэлем Пинто де Фонсекой во время пребывания Калиостро на Мальте, Сицилии и в Неаполе), Альфиеро Лоренцо Грилле де Монту и даже Джулио Помпео Ренато граф де Литта, фактически перенесший в недалеком будущем Орден Святого Иоанна Иерусалимского на русскую почву!

В то же время тот факт, что рыцарь-француз, принц Камиль де Роган (хотя и подозревавшийся в причастности к раскрытому незадолго перед тем орденскими властями "заговору Вассало», направленному против предыдущего Великого Магистра Ордена Святого Иоанна) возглавил мальтийское ополчение, имея в качестве заместителя бальи де Клюни (Клюньи), также француза; что француз-командор де Месгриньи возглавил оборону острова Гоццо, а рыцарь-француз де Вален – оборону острова Комино (Кумино), может служить доказательством тому, что несправедливо было бы, как это часто делают, огульно обвинять всех рыцарей-французов в нежелании оборонять Мальту от "своих».

Для этих рыцарей Святого Иоанна французские республиканцы-атеисты были не более "своими», чем, скажем, советские красноармейцы для белых бойцов Русского Корпуса на Балканах во Вторую мировую войну. А вот испанские рыцари, которым, казалось бы, сам Бог велел быть ярыми защитниками католической веры, почти поголовно саботировали оборону Мальты, забаррикадировавшись в своем "оберже» (казарме-общежитии). Мальтийский рыцарь Филипп де Амата, поверенный короля Испании на Мальте, даже представлял своего суверена в качестве посредника при подписании Конвенции (Акта о капитуляции) о сдаче Мальты французам!

В свете этого поведения и отношения испанцев в Мальтийскому Ордену становится понятным, почему "Его Католическое Величество» король Испанский дон Карлос де Бурбон сразу же после захвата Мальты Бонапартом первым делом конфисковал в своем королевстве все владения Державного Мальтийского Ордена (якобы "в наказание» за "недостаточное рвение мальтийских рыцарей в борьбе с врагами Святой Веры»!?), упразднив его и заменив своим собственным, "карманным» королевским "Орденом Святого Иоанна (Сан Хуан)». Рыцарям нового испанского королевского Ордена святого Иоанна было строжайше запрещено поддерживать какие-либо связи с членами Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского!

Рыцари прочих "наций» распределились по батареям и башням защищавших остров главных орденских крепостей Ла Валетты, Бирги и Флорианы, компактно расположенных вокруг мальтийской Большой Гавани.

Видя все эти приготовления мальтийцев, адмирал Брюйэс направил в порт Мальты всего один корабль для "ремонта». На следующий день остальной французский флот отошел на некоторое расстояние и в течение 9 дней крейсировал вокруг острова, отыскивая удобные места для возможной высадки.

Тем временем прибывший на корабле на Мальту французский "торговый агент» в течение всех 9 дней "ремонта корабля» проявлял неумеренную активность. Разъезжая по Мальте, он имел многочисленные встречи (в чем ему почему-то никто не препятствовал). При этом агент ежедневно отплывал во французский флот, после чего возвращался обратно на Мальту. Замеченные вскоре сигналы, подаваемые "торговым» агентом при его приближении к острову, ясно показало, что у Наполеона оказалось на Мальте немало единомышленников и связанных с ними лиц.

Встревоженный Гроссмейстер Гомпеш отправил к французскому адмиралу рыцаря узнать об истинных намерениях Брюйэса, но тот заверил Великого магистра, что лишь нужда в ремонте корабля и пополнение запасов воды заставили его зайти на Мальту.

Однако Гомпешу постоянно доносили о наличии на Мальте лиц (в основном французов), подпавших под власть революционных идей. Так, например, вышеупомянутый рыцарь французского "языка» шевалье Доломье (известный больше как ученый-натуралист – от его фамилии происходит название "доломиты») и постоянно устраивавший скандалы и смуты еще при прежнем магистре де Рогане, настолько рассорился со своими собратьями по Ордену, что был даже исключен из состава французского "языка», но, тем не менее, преспокойно оставался на Мальте. Его "весьма сомнительное поведение и качества его души доказывались подозрением, которое имели на него братья в убийстве одного товарища своего, с которым он имел ссору».