В 10 часов вечера 9 июня французский флагман "Ориан» ("Восток») дал сигнал к бою. Генерал Ренье с марсельским конвоем двинулся на остров Гоццо. На рассвете 10 июня сам Наполеон с трехтысячным десантом высадился в бухте Святого Павла. Как только десантные шлюпы французов подошли на расстояние выстрела к мальтийским батареям и башням, те открыли огонь, на который отвечали 24-фунтовые пушки французских канонерских лодок.

На первых порах орденская пехота успешно противодействовала десанту. Тогда в дело вступили французские стрелки. Целый час потребовался французам, чтобы после ожесточенной перестрелки закрепиться на берегу, взять штурмом батареи и башни и выбить мальтийцев из города. Генерал Барагэ д'Илье овладел бухтами Святого Павла и Мальты. Преодолев сопротивление обороняющихся, он захватил батареи, башни и всю южную часть острова, взяв 150 пленных и потеряв до 30 человек убитыми и ранеными.

Войска французского генерала Дезэ штурмовали и захватили все батареи Марса-Сирокко. К полудню столица Мальты Ла Валетта была окружена со всех сторон. Защитники крепости вели огонь по французским войскам, подступавшим к стенам слишком близко. Тем временем генерал Вобуа овладел крепостью Читта Нотабиле (Знатный Город). Войска французского генерала Ренье захватили остров Гоцо, который оборонялся двухтысячным гарнизоном, состоявшим в основном из наспех вооруженных мальтийских крестьян, и взял в плен всех защищавших остров орденских рыцарей.

В час дня французские шлюпы начали выгрузку 12 тяжелых артиллерийских орудий и всего необходимого для оборудования трех мортирных платформ. В операции участвовали также 6 бомбард и 12 канонерских лодок, вооруженных 24-фунтовыми пушками. Несколько французских фрегатов вплотную подошли к порту. Вечером 11 июня французы уже могли бомбардировать Ла Валетту 24 мортирами одновременно с пяти направлений.

Около половины пятого осажденные сделали вылазку, отбитую французами.

При первых же пушечных выстрелах в городе, за стенами которого укрылась большая часть островитян с семьями и домашним скотом, вспыхнула паника. Всех жителей, пытавшихся выйти из города, французы беглым огнем загоняли обратно. В течение всего 10 июня смута в городе все усиливалась. При каждом новом известии и взятии французами орденских башен и батарей производимые островитянами беспорядки принимали все более угрожающий размах. Подготовка французов к бомбардировке Ла Валетты тяжелой артиллерией возбудила ропот среди мальтийских ополченцев, не желавших быть свидетелями разрушения своих домашних очагов.

Усиленно раздувавшиеся французской тайной агентурой на Мальте слухи об "измене» мальтийских рыцарей или, наоборот, об "измене» местного населения Ордену приводили к взаимному недоверию, озлоблению и в результате – к кровавым эксцессам. Несколько орденских рыцарей было растерзано на улицах обезумевшей толпой.

Придя в отчаяние, барон фон Гомпеш, под сильнейшим давлением пораженцев из числа орденского руководства и представителей местных дворян-вассалов Ордена и мальтийской "прогрессивной общественности», угрожавших не только присоединиться к французам, но и применить насилие в отношении самого Великого магистра, приказал освободить из тюрьмы главного "пораженца» – командора Боредона де Рансижата – и направил его на борт "Ориана», уполномочив на заключение договора о сдаче Мальты французам.

Те члены Большого совета, которые особенно энергично призывали к сопротивлению французам, теперь настаивали на скорейшем заключении мира, ибо являлись в первую очередь мишенью для народного возмущения...