Обладая рангом кардинала и принца королевской крови, а также достоинством князя Священной Римской Империи и - в прошлом - правящего князя Родоса, а затем Мальты, Великий магистр пользуется как титулом Преимущества (который иногда переводится как "Высокопреосвященство"), так и титулом Высочества, Преимущественнейшего Высочества, и признается на международном уровне главой государства, пользуясь соответствующими суверенными почестями.

Нынешним 78-м Князем и Великим магистром является Его Преимущественнейшее Высочество фра Эндрю Найнджен Берти.

Великий магистр управляет Орденом при содействии Суверенного Совета, возглавляемого им самим и состоящего из четырех высших должностных лиц Великого магистерства (Великого магистрата), избираемых Великим Капитулом: Великого командора, Великого канцлера, Госпитальера и Держателя Общего Казначейства, а также из шести членов Совета. Эти должности выборные, и их могут занимать рыцари, давшие обеты ("обетные рыцари"), а иногда, в виде исключения, "рыцари послушания".

Папа Римский назначает своим представителем при Суверенном Военном Мальтийском Ордене Кардинала Святой Римской Церкви, именуемого Кардиналом Покровителем (Cardinalis Patronus), который пользуется помощью Прелата Ордена, также утверждаемого в должности Папой. Прелат Ордена является церковным руководителем орденского духовенства и помощником Великого магистра, в его обязанности входит попечение о духовном благополучии Ордена.

Жизнь и работа Ордена регулируется Конституцей, утвержденной Святым Престолом (апостолическое послание от 24. 06. 1961 г. ) и Кодексом (Сводом Законов), вступившем в силу 01. 11. 1966 г. Кодекс де Рогана, изданный Великим магистром де Роганом в XVIII веке, сохраняет свою действенность как дополнительный правовой источник, в тех случаях, когда его положения применимы и не противоречат вышеуказанным двум другим источникам законности. Юридические вопросы и проблемы, имеющие для Ордена интерес и значение, разбираются Консультативным Юридическим Советом, назначаемым Великим магистром с согласия Суверенного Совета.

Суверенный Мальтийский Орден имеет собственные суды первой инстанции и апелляционные суды с председателями, судьями, законоблюстителями и помощниками с правом совещательного голоса Суверенного Совета, утвержденными Великим магистром. Апелляции по приговорам орденских судов могут подаваться в Кассационный Суд Государства Ватикан, который в таких случаях, действует по доверенности от имени Ордена, может исполнять функции Верховного суда, Коллегии Аудиторов, избираемых Генеральным Капитулом, контролирует доходы и расходы Ордена.

По утверждению своих собственных историков, Суверенный Военный Мальтийский Орден (с центром в Риме) представляет собой единственное непрерывное и последовательное продолжение Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского, основанного в 1099 г. и официально признанного в 1113 г. Только он, по их мнению, является религиозным Орденом Католической Церкви и в то же время Католическим Рыцарским Орденом. Только он,по заявлениям своих официальных историографов и юристов, содержит в себе руководящее ядро принесших обеты Рыцарей Справедливости, прямых преемников его основателей, из числа которых избирается Великий Магистр и большинство членов Суверенного Совета и которые стоят выше светских рыцарей (мирян), число которых резко увеличилось со времен падения владычества ордена на Мальте. По утверждению хронистов Суверенного Военного Мальтийского Ордена, Сообщество наций никогда не переставало признавать Орден в качестве суверенного и независимого от любой светской власти субъекта международного права.

Орден осуществляет суверенные функции непрерывно с тех далеких дней, когда он владел островом Родос. Суверенные функции включают в себя не только способность заключать международные соглашения, устанавливать и поддерживать дипломатические отношения, но и участвовать в международных организациях, выпускать собственную валюту, иметь собственное почтовое ведомство, собственную финансовую систему, собственную независимую юридическую систему с активным и пассивным правом законодательства. Эти факты являются неоспоримым доказательством уникальной исторической идентичности и аутентичности Ордена.

Суверенитет Мальтийского Ордена выражен в двоевластии Верховного Главы Ордена, который является - в одном лице - суверенным Князем (Принцем) и Великим Магистром,с одной стороны, и Советов - Суверенного Совета, Генерального Капитула, Общего Государственного Совета, с другой. Генеральным Капитулом называется высшее собрание рыцарей, оно созывается по обычаю каждые пять лет и избирает членов Суверенного Совета, в то время как Общий Государственный Совет созывается с целью избрания Великого Магистра или Лейтенанта. Оба Совета - Генеральный Совет и Общий Государственный Совет — состоят из представителей Великих приоратов (Великих приорств, Великих приорий), приоратов (приорств, приорий), суб-приоратов (суб-приорств, суб-приорий) и Национальных ассоциаций (деления на "языки" больше не существует), которые являются составными частями организма Ордена в различных странах по всему миру.

Цели Суверенного Мальтийского Ордена изложены в статье 2 орденской Конституции. Они заключаются в следующем:

— Орден считает своей задачей, в соответствии с многовековой традицией приумножать честь Господа освящением членов Ордена со службой во славу веры и Святого Престола, на благо ближнего своего.

— Верный божественным заповедям и наставлениям Господа нашего Иисуса Христа, направляемый учением Церкви, Орден поддерживает христианские добродетели братства и любви к ближнему, содействует им, творит милосердие, оказывая помощь больным, эмигрантам, беженцам, беспризорным детям и бедным. Он печется об укреплении их духа и веры; активно поддерживает католические миссии. Орден всегда готов прийти на помощь жертвам стихийных бедствий и пострадавшим в войнах.

— Медицинские подразделения Ордена построены и действуют в соответствии с международными конвенциями и в рамках законодательства государств, с которыми заключены соответствующие соглашения.

Суверенный Военный Орден Госпитальеров Св. Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты поддерживает, на сегодняшний день, согласно нормам международного права, дипломатические отношения на уровне посольств с 78 государствами: Австрией, Албанией, Аргентиной, Бенином, Республикой Беларусь, Болгарией, Боливией, Боснией и Герцеговиной, Бразилией, Буркина- Фасо, Ватиканом (от которого, по своей двойственной природе, он зависит как духовная организация, но независим как суверенный объект международного права), Венгрией, Венесуэлой, Габоном, Гаити, Гватемалой, Гвинеей, Гондурасом, Доминиканской республикой, Египтом (АРЕ), Заиром, Испанией, Италией, Камбоджей, Камеруном, Кабо-Верде, Колумбией, Коморскими островами, Конго, Коста-Рикой, Кот д`Ивуаром, Кубой, Латвией, Либерией, Ливаном, Литвой, Лихтенштейном, Мадагаскаром, Маврикием, Мавританией, Македонией, Мали, Мальтой, Марокко, Микронезией, Мозамбиком, Нигером, Никарагуа, Панамой, Парагваем, Перу, Польшей, Португалией, Россией (официальные отношения на уровне чрезвычайных и полномочных послов), с Румынией, Сальвадором, Сан-Марино, Сент-Винсент-Гренадинами, Сао Томе и Принсипи, Сейшельскими Островами, Сенегалом, Словакией, Словенией, Сомали, Суданом, Таиландом, Таити, Того, Уругваем, Филиппинами, Хорватией, Центрально-Африканской Республикой, Чадом, Чехией, Чили, Эквадором, Экваториальной Гвинеей и Эфиопией.

Кроме того, Суверенный Мальтийский Орден имеет собственные миссии в Бельгии, Германии, Монако, Франции и Швейцарии и представлен делегациями в ООН в Нью-Йорке (Орден имеет статус постоянного наблюдателя при ООН – но отнюдь не в качестве "суверенного объекта международного права", а в качестве общественной организации!), Комиссии Европейского Сообщества, Совета Европы, в бюро ООН и штаб-квартирах международных организаций в Женеве, ЮНЕСКО, FAO, IAEA, UNIDO, Организации Центрально-Американских государств, Международном Институте Прав человека, Международном Институте Унификации Частного Права и других международных организациях и комитетах. . .

Его Преимущественнейшее Высочество князь и Великий Магистр при посредстве Суверенного Совета управляет Суверенным Мальтийским Орденом, распространенным по всему миру активным субъектом международного права, который, никогда не отказываясь от своей исконной цели — защиты христианства, ныне посвятил себя преимущественно оказанию всесторонней помощи в медицинской, социальной и гуманитарной сферах в самом широком смысле этих слов, без какой-либо дискриминации по религиозному или идеологическому признаку.

Госпитальерская деятельность осуществляется через территориальные организации Ордена, то есть через Приораты и Суб-Приораты и, прежде всего, через Национальные Ассоциации и через Службу Помощи Суверенного Мальтийского Ордена.

В области своей госпитальерской деятельности Орден в наше время действует в 90 странах, где имеет свои собственные больницы, поликлиники, амбулатории, дома престарелых и инвалидов, Международный Банк Крови (на острове Мальта), лепрозории в странах Африки и Южной Америки, центры сбора и распределения медикаментов, центры лечения и реабилитации диабетиков, детские дома, школы сестер милосердия и другие благотворительные учреждения разного рода. Значительная поддержка оказывается в виде денежных пожертвований, поставок продовольствия, медикаментов, гигиенических средств, одежды и др.