Так, например, Бранденбургский бальяж добился права самому назначать своих коммендаторов (комтуров или командоров). Постепенно он становился все более автономным от Великого Магистра и правительства Ордена Святого Иоанна на Родосе. С аналогичным процессом Ордену пришлось столкнуться и в других частях Европы, по мере усиления национально-государственного принципа в конце XIV- начале XV вв. Сходное развитие проделали и бальяжи Немецкого (Тевтонского) Ордена, с которым у иоаннитов в Северной Германии и без того было немало точек соприкосновения.

Кстати, возникновение Тевтонского Ордена было теснейшим образом связано с иоаннитами. "Тевтонский дом (госпиталь)" в Иерусалиме был первоначально подконтролен Великому Магистру иоаннитов. Когда же "Тевтонский дом» был преобразован в самостоятельный духовно-рыцарский Орден, он принял устав иоаннитов в части, касавшейся благотворительности и ухода за больными. Так, один из "гебитигеров", или "гроссгебитигеров" (высших должностных лиц) Тевтонского Ордена именовался "Великим госпиталарием (госпитальером)". Когда римско-германские Императоры совершали дарения в пользу Тевтонского Ордена, иоанниты всегда выступали в качестве свидетелей дарения (как, напр. , иоаннитский провинциальный магистр южноитальянской области Апулии в 1231 году).

Немецкие иоанниты, сильно задолжавшие кредиторам в связи со своим участием во втором походе Императора Карла IV Люксембургского на Рим в 1386 году (причем финансовое положение всего Ордена Святого Иоанна в целом стало крайне напряженным вследствие огромных расходов на строительство новых оборонительных сооружений на острове Родос), были вынуждены в 1370 году продать Тевтонскому Ордену иоаннитские владения Шенек и Вартенберг в Помереллии.

Вскоре после этого между обоими духовно-рыцарскими Орденами произошел конфликт, уладить который тщетно пыталась папская курия. Особую остроту конфликт между тевтонами и иоаннитами достиг в восточногерманской области Новая Марка. Рыцари-тевтоны силой отняли у иоаннитов госпиталь (странноприимный дом) Цантох. В ответ иоанниты отняли у тевтонов их владение Кварчен и были даже вынуждены образовать против тевтонских рыцарей единый фронт совместно с поляками и даже (трудно поверить, но факт!) – с еретиками-гуситами, заклятыми врагами римских пап и католической веры! Этой "файде" (типично феодальной усобице) между обоими Орденами был положен конец только заключением Мариенбургского договора 1435 года, при посредничестве венгерского короля и римско-германского Императора Сигизмунда, маркграфа Иоганна Бранденбургского и герцога Фридриха Мейссенского.

Сам факт, что "Орден иоаннитов в Бранденбурге" (то есть Бранденбургский бальяж, являвшийся всего лишь местным подразделением Великого Приорства Германского, являвшегося, в свою очередь, лишь ограниченным пределами средневековой Германии локальным подразделением Ордена Святого Иоанна!) при заключении данного мирного договора выступал в качестве равноправного партнера с Верховным Магистром всего Тевтонского Ордена и тремя светскими государями (Императором, маркграфом и герцогом) доказывает, как далеко данный иоаннитский анклав в Северной Германии продвинулся по пути автономии и фактической независимости от центрального Орденского правительства на Родосе.

С этого момента между бывшими конкурентами – северогерманскими иоаннитами и Тевтонским Орденом – сложились тесные партнерские отношения, все более укреплявшиеся по мере ослабления могущества духовных корпораций в последующие десятилетия. В 1423 году Тевтонский Орден обменял свои испанские владения на иоаннитские владения в Германии. Примерно через 30 лет произошел аналогичный обмен итальянских и греческих владений Тевтонского Ордена на германскую недвижимость иоаннитов. В результате этих земельных разменов Тевтонский Орден постепенно сконцентрировал свои владения в Германии, а иоанниты – в Средиземноморье, составлявшем искони основу могущества Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.

В то время как Орден иоаннитов в целом оставался связанным с решением своих первоначальных задач, своей исконной территорией и исконным "театром военных действий", его Бранденбургскому бальяжу в Северной Германии удалось сохранить костяк своих владений в неприкосновенности и отстоять свою самостоятельность перед лицом общеорденского руководства.

Подлинным "отцом-основателем" независимого Бранденбургского бальяжа суждено было стать мелкому брауншвейгскому рыцарю Гебгарду фон Бортфельде, рожденному близ древнего имперского (то есть подчинявшегося непосредственно римско-германскому Императору) города Гослара. В 1318 года брат Гебгард, в возрасте 30 лет, стал иоаннитским коммендатором Брауншвейга и Гослара, а спустя всего два года – вице-магистром с правом управления всеми орденскими владениями иоаннитов в Померании, Тюрингии, Бранденбурге и "земле вендов".

В хрониках 1327 года фра Гебгард фон Бортфельде он значится уже в качестве Генерального прецептора и герренмейстера Ордена иоаннитов в северо-восточной Германии. Два года спустя он принял от римско-германского Императора Людвига Баварского (между прочим, отлученного римским папой от церкви!) герб и титул "имперского аббата" ("рейхсабта"). Таким образом, с санкции верховной светской власти, было официально основано самостоятельное владение иоаннитских герренмейстеров в Бранденбурге! С этим положением, пусть не сразу, но со временем были вынуждены смириться как Великое Приорство Германское, так и верховное руководство Ордена Святого Иоанна на Родосе. В 1341 года брата Гебгарда фон Бортфельде сменил на посту герренмейстера Бранденбургского бальяжа иоаннитов брат Герман фон Вереберге, объединивший комменды Немеров и Вербен. Бортфельде же был отправлен на покой в комменду Темпельбург, ранее принадлежавшую тамплиерам (о чем свидетельствует само ее название, означающее "Замок храмовников").

Ордену Святого Иоанна в целом становилось все труднее удерживать под своей властью орденские владения, разбросанные на больших расстояниях друг от друга по всему христианскому миру, и заставлять своих местных должностных лиц, занятых прежде всего решением локальных задач, строго следовать указаниям и инструкциям центрального Орденского правительства и регулярно высылать деньги на остров Родос. Обе стороны приводили немало аргументов в пользу доказательства собственной правоты, но никак не могли прийти к согласию. С конца XIV века характерным для внутриполитической ситуации всей Германии стало следующее явление. Владетельные князья, формально считавшиеся вассалами римско-германского Императора, начали переходить к насильственному подчинению городов и вассалов своей непосредственной власти.

Такое поведение князей вынуждало комтуров (командоров) Ордена Святого Иоанна в Северной Германии приноравливаться к местным обстоятельствам, тем более что Орденское руководство иоаннитов с далекого Родоса, занятое отражением постоянных нападений на остров турецкого флота, не могло оказать им своевременной и эффективной правовой поддержки (не говоря уже о поддержке иного рода). Путем искусного лавирования северогерманским иоаннитам удавалось избежать в лучшем случае экономического ущерба вследствие утраты недвижимости, которую светские территориальные князья угрожали конфисковать в случае неподчинения.

Почти неизбежным следствием подобного положения было неуклонное ослабление у немецких иоаннитов чувства сопричастности и связи с правительством Ордена Святого Иоанна на далеком Родосе – тем более, что Орден только требовал со своих структур, расположенных в Германии, денег, денег и еще раз денег, ничего не давая взамен, а представления о наличии какой-то общеорденской задачи, объединяющей всех иоаннитов христианского мира, становились все более размытыми. Таким образом, Бранденбургский бальяж иоаннитов стал чем-то вроде передового поста госпитальерского рыцарского братства, угрожавшего полностью отделиться от германского "ланга" ("языка", или "нации") Ордена Святого Иоанна. Путем земельного размена и скупки недвижимости Бранденбургский бальи иоаннитов пытался укрепить свои позиции перед лицом неуклонно возраставшего могущества его светского сюзерена – маркграфа Бранденбургского. Бальи в немалой степени помогло то обстоятельства, что иоаннитам удалось унаследовать богатые владения, конфискованные у распущенного Ордена тамплиеров.

Однако маркграф Бранденбургский, невзирая на папский указ о передаче всех бывших владений тамплиеров, расположенных на его землях, рыцарям-иоаннитам, наложил на арестованное тамплиерское имущество секвестр и позволил "своим" иоаннитам вступить во владение этим имуществом не ранее, чем Бранденбургский бальяж пошел на большие уступки маркграфу, что было впервые закреплено Кремменским договором 1318 года. В случае конфликтов и имущественных споров между Бранденбургским бальяжем и Великим Приорством Германским Ордена Святого Иоанна последнее также имело средство для оказания давления на строптивый бальяж. Как упоминалось выше, сильно задолжавший кредиторам Орден Святого Иоанна был вынужден постепенно распродавать свои владения. Великое Приорство Германское стало угрожать Бранденбургскому бальяжу пустить на продажу бранденбургские владения иоаннитов в случае, если бальяж будет настаивать на своей автономии и откажется подчиниться центральному Орденскому руководству госпитальеров.

Бальяжу пришлось подчиниться и 11 июня 1382 года заключить с Великим Приорством Германским Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Геймбахский договор, воспрещавший дальнейшую продажу Орденских владений. Со своей стороны, бальяж по этому договору вновь подчинялся Великому Приорству Германскому и вновь признавал за последним право визитации (посещения комтурий бальяжа с проверкой отчетности), а также право Великого приора Германского утверждать в должности орденских чиновников в пределах Бранденбургского бальяжа. Тем не менее, бальяж сохранил довольно широкую самостоятельность. Великое Приорство было вынуждено признать автономию герренмейстеров в пределах Бранденбурга. Со временем Бранденбургский бальяж возобновил самостоятельные выборы комтуров, нимало не заботясь об их утверждении в должности Великим Приорством Германским, и уж тем более Великим Магистром иоаннитов на Родосе!

Однако у бранденбургских иоаннитов было немало иных причин для обеспокоенности, вызванных отсутствием у них поддержки более сильного партнера и покровителя. В конце XIV века Бранденбургскую марку охватили внутренние смуты и междоусобные конфликты. Так, граждане города Бана в ходе "файды" с бранденбургскими иоаннитами в 1399 году пленили в бою герренмейстера иоаннитов Детлева фон Вальмеде и торжественно обезглавили его при большом стечении народа. Иоаннитский коммендатор фон Рор был сброшен восставшими горожанами с церковной колокольни. Поэтому иоанниты могли только приветствовать прибытие в Марку нового маркграфа Бранденбургского – нюрнбергского бургграфа Фридриха фон Цоллерна (Гогенцоллерна) в 1411 года, железной рукой восстановившего в своих владениях закон и порядок, в чем ему усердно помогали бранденбургские иоанниты, оказавшиеся в полной зависимости от Гогенцоллернов, как своих новых светских сюзеренов. Но и маркграф, со своей стороны, пошел навстречу иоаннитам, уступив им по сходной цене замок и город Зонненбург.

С тех пор в Орденской церкви Зонненбурга на протяжении столетий проводилась церемония инвеституры (посвящение в рыцари-иоанниты). Никто в Бранденбурге не мог стать иоаннитским "рыцарем (по) справедливости", не пройдя в этой орденской церкви посвящение "тремя ударами меча". После утраты Зонненбурга, в результате поражения Германии во Второй мировой войне отошедшего к Польше, эта орденская традиция была возобновлена в западногерманской церкви комменды иоаннитов Нидервейзель, где 29 июня 1963 года произошла первая послевоенная инвеститура (посвящение в рыцари Ордена).