С 1426 года в замке Зонненбург находилась резиденция Бранденбургского бальи иоаннитов. В настоящее время, наряду с бывшей Орденской церковью, там сохранилось административное здание Орденского правительства, перестроенное герренмейстером Иоганном Морицем князем Нассауским (1652-1679 гг. ), фасад которого украшен надписью "Правительство и Магистрат Мальтийского Ордена Св. Иоанна" (St. Johanniter Maltheser Ordens Regierung und Magistrat). Надпись свидетельствует о том, что, невзирая на имевшие в тому времени место конфессиональные различия и широчайшую автономию Бранденбургского бальяжа, бранденбургские иоанниты продолжали ощущать себя составной частью общеевропейского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты.

Орденская управа (Ordensamt) Зонненбург владела 28 381 моргенами земли. В состав ее владений в 1802 году входили города Гейнерсдорф, Лауков, Лимериц, Маусков, Меков, Эниц, Кришт, Прибров и Требов. Наряду с Орденскими управами Рампиц, Грюнеберг, Коллин, Фридланд и Шенкендорф, Зонненбург относился к числу Орденских владений, с которых получал свои доходы (респонсии) герренмейстер. После восстановления бальяжа в Пруссии в Зонненбурге в 1858 года была основана одна из первых орденских больниц на 48 коек, рассчитанных, по решению Капитула, на 36 больных и 12 смертельно больных, с детским отделением на 12 дополнительных коек.

В 1415 году герренмейстер приобрел Бранденбургскому бальяжу в собственность новую комменду Швибус и, имея поддержку в лице энергичного маркграфа, на верность которому он предусмотрительно присягнул, стал править из Орденской резиденции в Зонненбурге наподобие светского владетельного князя. Отчуждение Бранденбургского бальяжа от германского "языка" Ордена Святого Иоанна к тому времени зашло уже так далеко, что Великий Приор Германский по всей форме потребовал упразднить Бранденбургский бальяж, как не выполняющий свои уставные задачи. Однако позиции последнего в Бранденбурге настолько укрепились, что требование Приора не возымело должного эффекта. В 1460 года курфюрст Бранденбургский Фридрих II Железный своей жалованной грамотой утвердил "Орден иоаннитов в Бранденбурге" (назвав его именно Орденом, то есть самостоятельной организацией а не "бальяжем"!) во владении 70 городами, селами и имениями, расположенными в его владениях.

В таком положении Бранденбургский бальяж Ордена иоаннитов находился до момента, когда в Германии разразилась антикатолическая Реформация. Военный поход герренмейстера в 1527 года против поляков, захвативших орденский замок бранденбургских иоаннитов Мезериц, был прерван курфюрстом Бранденбургским Иоахимом по соображениям высшей политики. По требованию курфюрста, не желавшего ссориться с поляками, иоаннитскому войску пришлось отступить. В результате раздела Бранденбургского наследства в 1535 году маркграф Иоганн получил во владение Новую Марку и стал тем самым новым покровителем всех иоаннитов Северной Германии.

Этот расчетливый и экономный государь, типичный протестант (тогда еще только по духу; его формальный переход в лютеранскую веру состоялся тремя годами позже), стремился не к сиюминутным выгодам, а к обеспечению своих долгосрочных, стратегических интересов. Он не помышлял о конфискации владений иоаннитов и роспуске их Ордена хотя бы потому, что думал обратить себе на пользу неприкосновенность Орденских владений. Маркграф с полным основанием рассматривал герренмейстера иоаннитов как богатейшего из своих вассалов, способного извлекать пользу для себя и для своего сюзерена из орденских владений, в том числе и расположенных за пределами Новой Марки.

Зависимость иоаннитов от их светского сюзерена наглядно проявилась и в отношении Бранденбургского бальяжа к охватившей всю Германию антикатолической Реформации. Когда маркграф Иоганн в 1538 году перешел из католической веры в лютеранскую, его примеру последовал целый ряд иоаннитских комменд (первоначально – в Мекленбурге). Два комтура иоаннитов в 1544 году даже публично продемонстрировали свой переход в протестантизм, нарушив один из основных обетов Ордена Святого Иоанна – обет целомудрия - и вступив в законный брак по лютеранскому обряду. Это дотоле неслыханное среди германских рыцарей-странноприимцев открытое нарушение Орденского Устава вызвало настоящую "цепную реакцию". Невзирая на протесты Великого Приора Германского, почти все иоанниты Бранденбургской марки перешли в лютеранство, что, по сути дела, означало открытый разрыв с папским престолом, Великим Магистром на Мальте и Великим Приорством Германии, и окончательно поставило бранденбургских рыцарей Святого Иоанна в полную зависимость от светского сюзерена.

Тем не менее, никаких репрессивных или дисциплинарных мер со стороны Ватикана, Великого Магистра и Великого Приорства в отношении строптивых бранденбургских иоаннитов так и не последовало. В описываемый период времени всеми Орденскими делами бальяжа от имени герренмейстера занимался сам маркграф Бранденбургский. Полномочия же герренмейстера ограничивались чисто административными вопросами. Сохранилось описание положения Бранденбургского бальяжа в 1550 года, обсуждавшегося на заседании капитула. В коммендах бранденбургских иоаннитов насчитывалось всего лишь по два-три орденских брата, занимавшихся исключительно хозяйственными (главным образом сельскохозяйственными) вопросами.

Визитация (посещение представителями вышестоящих орденских структур с контрольно-ревизионными целями) этих "орденских домов" происходила не чаще, чем раз в два-три года. Ежегодно 24 июня (в "Иванов день", то есть день Святого Иоанна, общеорденский праздник всех госпитальеров) комменды Бранденбургского бальяжа иоаннитов сдавали деньги в Зонненбургскую управу. Стремясь максимально привязать к себе Орден, маркграф Иоганн (Ганс) назначил своего канцлера, беззаветно преданного ему юриста Франца Наумана, коммендатором иоаннитов в новой комменде Шивельбейн, а в 1564 году добился избрания Наумана герренмейстером (с этой целью предварительно даровав ему дворянство).

Однако новый герренмейстер, совершенно неожиданно для своего патрона, самолично посвятившего его в рыцари, стал слишком рьяно защищать интересы бранденбургских иоаннитов, чем вызвал гнев маркграфа и даже был вынужден, будучи протестантом, бежать от преследований своего протестантского же сюзерена в Прагу, под защиту католического (!) Великого Приора Богемского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В отместку маркграф отнял у Ордена Святого Иоанна Иерусалимского владения Фридланд и Шенкендорф, на которые впоследствие тщетно претендовало Великое Приорство Богемское. Иоаннитам становилось все труднее сохранять свою власть над коммендами, расположенными за пределами Бранденбургской марки. В 1544 году комтурство Цахан, принадлежавшее Ордену Святого Иоанна с 1318 г. , пришлось продать герцогу Барниму Померанскому.

Сохранить во владении Орденскую комменду в Брауншвейге удалось лишь согласившись на введение там кондоминиума (совместного управления) герренмейстера и членов семейства герцогов Брауншвейгских. В Мекленбурге иоаннитам не осталось ничего другого, как в 1593 году уступить тамошнюю богатую комменду герцогам Шверинским, номинально признавших себя "ленниками (вассалами) Ордена Святого Иоанна". На все возражения Великого Приора Германского, пребывавшего в Гейтерсгейме, бранденбургские иоанниты неизменно отвечали, что в столь беспокойные времена лишь поддержка сильной власти светских государей сможет обеспечить Ордену иоаннитов гарантию на будущее, и поэтому ссориться с ними не следует.

В правление курфюрста Бранденбургского Иоганна Сигизмунда его сын Иоганн Георг, избранный в 1616 году герренмейстером иоаннитов, получил от Императора Рудольфа II Габсбурга в лен герцогство Егерндорфское в Силезии, отошедшее, после пресечения бранденбургско-франконской линии, к Курмарку. Герренмейстер, перешедший в Силезии в протестантизм в его уже не лютеранской, а реформатской разновидности, принял участие в положившем начало Тридцатилетней войне богемском восстании против Габсбургов и в неудачной для протестантов Белогорской битве под Прагой в 1620 году. После того, как католическая армия полководца "Священной Римской Империи германской нации" графа Иоганна Тсеркласа фон Тилли нанесла сокрушительное поражение протестантам, победоносные Габсбурги объявили мятежного герренмейстера иоаннитов изменником и отняли у него герцогство Егернсдорф, а у возглавляемой им ветви Ордена Святого Иоанна – владения Одерберг и Бейтен. Герренмейстеру Иоганну Георгу грозило низложение, но смерть от последствий ранения спасла его от этого позора.

Курфюрст Бранденбургский Георг Вильгельм, чьи земли были страшно опустошены в ходе Тридцатилетней войны, в отличие от своих предшественников, решил не назначать герренмейстером "своих собственных" иоаннитов принца из дома Гогенцоллернов. Он сделал главой иоаннитского Бальяжа Бранденбургского своего государственного министра графа Адама фон Шварценберга. Хотя последний и был католиком, он, тем не менее, проявил редкую для того времени терпимость к иноверию и, храня верность своим предвыборным обещаниям, сохранил конституцию подчиненной ему части Ордена Святого Иоанна в полной неприкосновенности.

Герренмейстер бранденбургских иоаннитов граф фон Шварценберг, стремясь к улучшению отношений между своим бальяжем и Верховным Приорством Германским, сообщил в Гейтерсгейм (резиденцию германского Великого Приора) о своем избрании (чего не делали его предшественники, хотя это и полагалось по Уставу). С одной стороны, Великий Приор Германский в высшей степени одобрительно отнесся к подобному выражению лояльности со стороны Бранденбургского бальяжа; с другой стороны, он не замедлил потребовать причитавшихся Великому Приорству денег, которые, однако, получил не сразу и не в полном объеме. В 1640 году герренмейстер Шварценберг, с одобрения Великого Приора, назначил своего сына коадъютором. Однако "Великий Курфюрст" Бранденбургский Фридрих Вильгельм, взявший в свои руки бразды правления в год смерти Шварценберга, отказался утвердить его сына в должности герренмейстера.

Вестфальский мир, которым в 1648 году завершилась кровопролитная Тридцатилетняя война, до предела истощившая Германию и всю тогдашнюю Европу, ознаменовался для Бранденбургского бaльяжа значительными территориальными потерями. Бранденбургские иоанниты лишились мекленбургских комменд Миров и Немеров. Им пришлось уступить померанскую комменду Вильденбрух победоносным шведам. Многочисленные владения и "орденские дома" оказались разоренными в ходе военных действий. Резко сократилась и численность членов Ордена. Тем не менее, в параграфе 3 статьи 12 Оснабрюкского мирного договора, было особо оговорено право покровительства (jus patronatus) курфюрстов Бранденбургских "над Орденом иоаннитов» (причем именно в такой общей формулировке, без каких-либо региональных ограничений, хотя в подписании мира участвовали католический римско-германский Император из династии Габсбургов, папский Святейший престол и сам "головной" католический Державный Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты!). Курфюрст отклонил предложенный ему титул герренмейстера, пост которого на протяжении одиннадцати лет оставался вакантным.

Наконец, в 1652 году курфюрст назначил герренмейстером князя Иоганна Морица фон Нассау-Зигена, опытного военачальника, оказавшегося не менее опытным хозяйственником, превратившим Орденские командорства Бранденбурга в образцовые хозяйства.