В последние годы правления курфюрста должность герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти герренмейстерами избирались поочередно сыновья "Великого Курфюрста" от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих III, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения герренмейстеров в должность.

Сделавшись в 1701 году первым прусским королем, Фридрих сразу после коронации учредил в Кенигсберге орден Черного Орла. Первым кавалером нового прусского королевского ордена стал герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиконечным белым иоаннитским (мальтийским) крестом, золотыми монограммами "МС" ("Markgraf Carl") между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский №19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовно-рыцарского братства в династический орден прусской короны.

В правление "солдатского короля" Фридриха Вильгельма I в Берлине было начато строительство нового орденского замка. В первые годы правления Фридриха Великого иоаннитам королевским указом 1745 году было высочайше дозволено увенчать свой Орденский крест прусской королевской короной "в знак признания их испытанной верности Прусскому Королевскому Дому".

Заметим в скобках, что столь тесной связи с прусским королевским домом, как у иоаннитов, у Тевтонского (Немецкого) Ордена – вопреки измышлениям позднейших фальсификаторов истории! – не существовало никогда! Комменды и герренмейстер бранденбургских иоаннитов верно несли военную службу королю Пруссии в Силезских войнах и в Семилетней войне. Тем не менее, после гибели комтура бранденбургских иоаннитов принца Луи Фердинанда Прусского от палаша наполеоновского кирасира в бою с французами под Заальфельдом и разгрома прусских армий под клмандованием двух других иоаннитских комтуров - герцога Брауншвейгского и князя фон Гогенлоэ – Наполеоном I Бонапартом под Иеной и Ауэрштедтом в роковом для Пруссии 1806 году, в условиях острейшей нехватки финансовых средств, король Фридрих Вильгельм Ш был вынужден 30 октября 1810 года распорядиться о секуляризации всех владений церкви, монашеских и духовно-рыцарских Орденов. Тем самым Орден иоаннитов лишился источников к существованию в Бранденбургской марке.

Королевским эдиктом от 23 января 1811 года полномочия герренмейстера и капитула иоаннитов перешли к прусской короне и были аннулированы. Учрежденный вместо упраздненного Бальяжа Бранденбургского 23 мая 1812 года "Королевский прусский Орден иоаннитов» (Koeniglich Preussischer Johanniter Orden) стал простым объединением бывших членов Бранденбургского бальяжа, как физических лиц, чем-то в роде "закрытого клуба ветеранов", не занимавшегося никакой практической деятельностью. Во главе "Королевского прусского Ордена иоаннитов" стоял принц дома Гогенцоллернов, в течение последующих 40 лет носивший титул "Гроссмейстера" ("Великого Магистра"). На протяжении всего периода существования "Королевского прусского Ордена" иоаннитский крест оставался формально включенным в систему прусских государственных наград, занимая в наградной иерархии место после ордена Красного Орла, хотя реально новых награждений им не проводилось.

По прошествии сорока лет Орден иоаннитов был восстановлен в Пруссии как рыцарский (но уже не духовно-рыцарский) институт, вернувшийся к своим первоначальным целям христианской благотворительности и милосердия – помощи больным и убогим. Вскоре прусский Орден иоаннитов (по старой памяти, именовавшийся также "Бранденбургским бальяжем") содержал уже десятки больниц и странноприимных домов. Его главой снова стал не "Гроссмейстер", а герренмейстер, а верховным протектором – прусский король (являвшийся с 1871 года, года объединения Германии, также германским Императором).

Члены прусского Ордена иоаннитов подразделялись на:

1) коммендаторов и почетных коммендаторов, входивших, наряду с "Капитаном Ордена (орденсгауптманом)", то есть старейшим из рыцарей Ордена (Ordenshauptmann), и орденскими чиновниками, в Орденский Капитул под председательством герренмейстера;

2) "рыцарей (по) справедливости" (Rechtsritter), приносивших при вступлении в Орден иоаннитов уставные обеты и принимавшихся в Орден с соблюдением всех необходимых формальностей, включая инвеституру, посвящение в рыцари троекратным ударом меча в Зонненбурге и т. п. ;

3) "рыцарей чести", или "почетных рыцарей" (Ehrenritter).

Таким образом, в отличие от преимущественно католического (Мальтийского) Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, структура преимущественно протестантского прусского рыцарского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского Госпиталя была гораздо проще – в нем не существовало степеней капитулярных и конвентуальных бальи, бальи Большого Креста, бальи, "рыцарей милосердия" (принимавшихся в Орден "из милости», хотя они не удовлетворяли требованиям орденского Устава), "магистральных рыцарей" (принимавшихся в Орден по прямому указанию Великого Магистра), "обетных рыцарей", "облатов", донатов (жертвователей) и т. д.

Никто из прусских иоаннитов не мог стать "рыцарем (по) справедливости", не будучи евангелического (лютеранского) исповедания и не пробыв предварительно установленное число лет членом Ордена иоаннитов в степени "рыцаря чести (почетного рыцаря)".

Вопрос о приеме новых членов решался Орденским капитулом; при этом играли важную роль знатность рода, безупречный образ жизни, возраст (не моложе 30 лет) и социальное положение. Каждый "рыцарь чести" при вступлении в прусский Орден иоаннитов уплачивал вступительный взнос в сумме 1000 марок, после чего уплачивал ежегодный взнос в размере 60-90 марок, но уже не в центральную орденскую кассу, а в кассу того Орденского товарищества (Ordens-Genossenschaft), в которое входил по месту жительства. Орден имел 15 таких товариществ во всех прусских провинциях, а также в других германских землях – Вюртемберге, Мекленбурге, Гессене, Саксонии и Баварии.

По состоянию на 1 января 1905 года в прусском Ордене иоаннитов (Бальяже Бранденбургском) состояли:

!) Протектор – Император Вильгельм II Гогенцоллерн,

2) Герренмейстер – принц Альбрехт Прусский,

3) "Орденский капитан (орденсгауптман)",

4) 18 коммендаторов,

5) 4 почетных коммендатора (эренкоммендатора, или "коммендатора чести"),

6) 973 "рыцаря (по) справедливости",

7) 2 "почетных члена" (Ehrenmitglieder - к этой категории, в определенной степени сходной с категорией "магистральных рыцарей" католического Мальтийского Ордена, относились лица, причисленные к Ордену иоаннитов по прямому указанию его главы, хотя они и не соответствовали требованиям Орденского устава) и

8) 1912 "рыцарей чести" ("почетных рыцарей").

Бранденбургский Бальяж содержал в Германии 50 больниц на 2860 коек, в которых, например, в 1904 году была оказана безвозмездная или весьма льготная медицинская помощь примерно 18 000 больных.

Кроме того, Бранденбургский бальяж содержал госпиталь в Иерусалиме.

Со временем в Ордене иоаннитов появился также институт сестер милосердия – так называемых "услужающих сестер Ордена".