Глава Ордена Cвятого Иоанна — Великий магистр (нем. : Гроссмейстер, фр. : Гран мэтр, итал. : Гран маэстро), был ограничен в своих действиях капитулом, который он был обязан созывать во всех важных случаях жизни братства. Ниже Великого магистра на орденской иерархической лестнице стояли "конвентуальные бальи" (в древности "бальи" назывались также "пилье" — т. е. букв. "столпы"), возглавлявшие "ланги" (языки) Ордена. Еще ступенью ниже шли Великие приоры (они же "капитулярные бальи"). Все они являлись рыцарями (кавалерами) Большого Креста. За ними следовали бальи, командоры и, наконец, простые рыцари. Орден предоставлял свои земельные владения Великим Приорам, бальи и командорам во временное владение ("кормление"), при условии уплаты в орденскую казну определенной доли дохода с них, т. н. “респонсии”.

Именно респонсии в течение многих веков служили главным источником дохода Ордена для финансирования его военной и госпитальерской деятельности. К концу Средневековья некогда жестко централизованный единый Орден госпитальеров, в силу постоянного усиления национально-государственного принципа и ослабления универсалистских тенденций папства и католической церкви в целом, превратился в своего рода федерацию "национальных рыцарских ассоциаций" членов Ордена, большинство из которых проживало в своих странах, а не в резиденции Великого магистра.

Великий магистр имел право каждые пять лет назначать одного из рыцарей Ордена командором. Кроме того, существовал ряд командорств, доходами от которых пользовались капелланы и оруженосцы.

Над- и транснациональный характер Ордена Святого Иоанна проявился и в разделении исполнительной власти в рамках правительстве Ордена, состоявшего из Великого магистра и Малого Совета. Каждый из высокопоставленных членов Малого Совета избирался из числа "рыцарей (по) справедливости" одного из "языков» Ордена и становился одновременно главой соответствующего "языка" в конвенте и главой одного из орденских ведомств, постоянное руководство которым постановлением Генерального Капитула 1445 г. было закреплено за тем или иным "языком".

Из вышеперечисленных восьми "языков" Ордена Святого Иоанна, "язык" Прованса был представлен Великим командором, управлявшим финансами Ордена и являвшимся членом комиссии казначейства.

"Язык" Оверни — Маршалом, возглавлявшим сухопутные вооруженные силы и являвшимся председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями.

"Язык" Франции — Госпитальером (Госпиталарием), отвечавшим за странноприимные дома (госпитали), больницы, врачей, младший медицинский персонал, аптеки и медикаментов.

"Язык" Италии — Адмиралом, осуществлявшим командование орденским военным флотом, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого Командора.

"Язык" Арагона был представлен Великим Консерватором, контролировавшим правильность ежегодных выплат рыцарям на их личные потребности.

"Язык" Англии — Туркопольером, возглавлявшим караульные войска и вспомогательные силы Ордена ("туркопулов" или "туркополов", бувально: "сыновей турок" - так в эпоху Крестовых походов именовались наемники крестоносных монархов, происходившие от браков между греками и турками).

"Язык" Германии — Великим бальи, ответственным за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием.

"Язык" Кастилии и Португалии — Великим канцлером, который готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим магистром подписывал их. Он также заведовал государственным архивом.

Подобное конституционно закрепленное распределение высших орденских постов между различными "языками» позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при одновременном учете национальных особенностей членов Ордена, что не в последнюю очередь способствовало его усилению.

Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой Климентом V, орденское государство подтвердило свои права в 1448 г. , когда папа римский Николай V, оставаясь Верховным сюзереном Ордена Святого Иоанна, признал полную юрисдикцию Ордена над подвластной ему территорией, независимость Ордена от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право Ордена на обмен посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу Ордена в сфере договоров и действий, право чеканить собственную монету, собирать налоги и подати.

Папа также признал Великого магистра Ордена Святого Иоанна независимым суверенным князем с правом коронации. Эти права Ордена были еще раз подтверждены римскими папами Пием II (1458 — 1464 гг. ) и Иннокентием VIII (1484 — 1492 гг. ).

Владычество над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена: как религиозной организации и одновременно - как светского субъекта международного права, что и определило то особое положение, которое Орден сохранил до сегодняшнего дня. Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров.

В 1396 г. рыцари Родоса во главе с Филибером де Найаком (Найлаком) приняли участие в неудачном Крестовом походе венгерского короля Сигизмунда против турок-османов, завершившемся сокрушительным разгромом крестоносцев под болгарским городом Никополем. После победы при  Никополе османский падишах (султан) Баязид (Баязет) I Йылдырым (Молния) в приступе мусульманского религиозного фанатизма повелел умертвить 10 000 крестоносцев, взятых турками в плен. Почти все пленные были обезглавлены, а остальные убиты ударами палиц. Казнь крестоносцев длилась почти весь день 25 сентября 1396 г. , и даже привычные к крови приближенные и военачальники султана, не вынеся зрелища кровавой бойни, просили Баязида остановить ее. Падищах помиловал лишь немногих юношей, но отдал их в рабство своим вельможам. От гибели удалось спастись лишь Филиберу де Найаку (будущему Великому магистру) с горстью родосских рыцарей.

Турки-османы не раз осаждали остров Родос, но рыцари всегда выходили победителями из этих сражений. В течение 213 лет рыцари Родоса были его полновластными хозяевами и суверенами. В 1522 г. они были атакованы султаном Сулейманом II “Великолепным”, возглавлявшим невероятно многочисленную (по тому времени) армию в 140 000 человек, и флот, насчитывавший более 400 боевых кораблей.

Под предводительством Великого магистра Филиппа Вилье де л' Иль Адана гарнизон из 5 100 иоаннитов в течение шести месяцев геройски сражался с полчищами мусульман, "врачуя раны врагов, как свои собственные". Впрочем, на сохранившихся иллюстрациях орденских летописей, повествующих о боях с неверными за Родос, изображено множество турок, обезглавленных, вздернутых на виселицы и посаженных на кол рыцарями Святого Иоанна. В конце концов, султан разрешил госпитальерам с почетом покинуть Родос, вместо того, чтобы обратить их в рабство - настолько турецкий падишах был восхищен доблестью рыцарей Святого Иоанна.

Даже оставшись без собственной территории, Орден не потерял вышеупомянутого правового статуса. Рыцари Святого Иоанна на некоторое, но очень короткое время, оседали на острове Крит, в Мессине (Сицилия), в Чивитта-Веккья, в Ницце, а иногда по целым месяцам проводили на море, на борту своих кораблей, поскольку никак и нигде не могли найти удобного пристанища и дружеского гостеприимства.

В 1530 г. папа римский Климент VII, сам в прошлом рыцарь-иоаннит, обратился к владыке "Священной Римской Империи" и королю Испанскому Карлу V Габсбургу с просьбой даровать изгнанному с Родоса Ордену госпитальеров прибежище на острове Мальта. Император благосклонно отнесся к этому ходатайству и своей хартией передал Ордену Святого Иоанна в вечное владение острова Мальта, Гоцо, Комино и Коминотто, а также город Триполи в Ливии. Император надеялся, что рыцари-иоанниты, искусные мореходы, будут защищать его корабли в Средиземноморье от нападений турецких корсаров и не допустят создания турецких военно-морских баз в Триполитании. К описываемому времени госпитальеры пользовались непререкаемой славой опытнейших моряков. Не случайно рыцарь итальянского "языка" Ордена Святого Иоанна Иерусалимского фра Антонио Пигафетта сопровождал португальца на испанской службе Фернана Магеллана в его кругосветном путешествии, оставив подробное описание экспедиции и гибели мореплавателя в схватке с филиппинскими дикарями (сам отважный госпитальер был тяжело ранен стрелой в этом бою).

Осевшие на Мальте рыцари Святого Иоанна, в качестве символической дани, обязались ежегодно преподносить Карлу V (через его вице-короля на Сицилии) белого охотничьего мальтийского сокола в знак вечной признательности госпитальеров за монаршую щедрость. Кроме этой символической дани, их суверенитет, по сравнению с "родосским периодом", был ограничен еще и запретом чеканить собственную монету. Этот запрет был отменен лишь позднее, при Великом магистре де Гомедесе (Омедесе).

Важные события в истории Ордена Святого Иоанна произошло во время Реформации. Бальи и рыцари Бранденбургского бальяжа Ордена в Германии, как упоминалось выше, приняли новую лютеранскую веру. В Англии король Генрих VIII, яростно боровшийся с папским Римом, упразднил католический Орден, конфисковал имущество английских рыцарей-госпитальеров и казнил многих из них. Правда, Орден был снова учрежден в Англии хартией (Указом) королевы Виктории, но произошло это спустя 300 лет - в 1888 году, и уже не с римским папой, а с британским монархом во главе. Ниже мы несколько подробнее осветим эту тему.

В 1565 г. Орден иоаннитов, теперь уже именовавшийся Мальтийским, под предводительством своего самого выдающегося Великого магистра - Жака Паризо де ла Валетта - успешно отразил нападение турок на Мальту в ходе одной из наиболее знаменитых осадных кампаний в истории военного искусства. Город Ла Валетта, воздвигнутый внутри мощных фортификационных сооружений, не раз отражавших нападения воинов ислама, был назван в честь магистра - главного героя этой Великой осады. Флот Ордена немало способствовал знаменитой победе западных христиан в Кипрской войне 1570-73 гг. и, в особенности, в знаменитом морском сражении при Лепанто в 1571 г. , отведшем турецкую угрозу от "мягкого подбрюшья Европы".

К описываемому времени турки-османы захватили большую часть Венгрии, и турецкий флот непосредственно угрожал Италии. В 1570 г. турецкий султан Селим I развязал войну с целью захвата острова Кипр, обеспечения полного господства османского Полумесяца в восточном Средиземноморье и исходного плацдарма для дальнейшей исламской экспансии против Италии и Испании. Выполнению этого замысла турецкого султана способствовало испано-венецианское соперничество. Папе римскому Пию V удалось организовать антитурецкую испано-венецианскую коалицию, т. н. "Священную Лигу", в которую вошли Испания, Венеция, Генуя, папа, Мальтийский Орден и мелкие итальянские княжества. Командовал союзным флотом дон Хуан Австрийский, кавалер ордена Золотого Руна и побочный сын Карла V - владыки "Священной Римской Империи".

7 октября 1571 г. у мыса Скрофа при входе в Патрасский залив Ионического моря произошел морской бой, вошедший в историю под названием Лепантского сражения (Лепанто находится в 60 км от мыса Скрофа). Прибыв на остров Корфу, дон Хуан получил сведения о том, что турецкий флот ушел в Лепанто. Он принял решение блокировать магометан в Патрасском заливе, куда и повел свои силы. Турецким флотом командовал Муэдзин-Заде-Али-паша. Али получил от султана повеление атаковать флот христиан. Выполняя приказ султана, он двинул мусульманский флот из залива в открытое море. В его составе были эскадры султана Александрии Мехмета-Сирокко и алжирского бея Улудж-Али. Турецкий адмирал считал, что христиане стоят на якоре у острова Кефалония, а дон Хуан считал, что турки стоят в Лепанто. Поэтому встреча двух гигантских армад у мыса Скрофа произошла неожиданно для обоих противников.

Берег между Петала и Калидоном низменный, а потому разведчики дона Хуана смогли увидеть парусный турецкий флот раньше, чем турки заметили христиан, шедших под веслами. Вообще же в бою при Лепанто паруса применялись лишь при подходе к району развертывания флотов. Затем они убирались, и дальнейшие действия происходили в соответствии с требованиями тактики гребного флота.

На вооружении у кораблей находилась сильная артиллерия и большое количество стрелков из аркебуз (фитильных ружей). Для наиболее полного использования огнестрельного оружия дон Хуан внес поправки в конструкцию кораблей, приказав срезать на галерах носы. Однако артиллерия стала лишь средством завязки боя, а основным приемом борьбы являлся абордаж. Медленность заряжания орудий и небольшая точность артиллерийского огня исключали длительную артиллерийскую дуэль, зато позволяли сойтись на абордаж и таран, как в древние времена.

Части боевого порядка турок не взаимодействовали или же опаздывали с осуществлением взаимодействия. Поэтому магометанский флот уничтожался по частям. Отдельные военачальники союзников по собственной инициативе и своевременно шли на выручку соседей и маневрировали лучше мусульман. Назревало окружение судов Улудж-Али, который плену предпочел бегство с 13 кораблями. Удалось вырваться из окружения и бежать еще 35 турецким судам. В ходе боя союзники потопили 20 мусульманских галер. Еще 200 кораблей противника оказались трофеями христиан. В результате поражения турецкого флота было освобождено 12 000 христианских гребцов-невольников. Крестоносцы "Священной лиги" потеряли убитыми свыше 7 000 человек, не считая убитых гребцов, которых только на мальтийских галерах насчитали около 2,5 тыс. человек.

В 1607 г. римско-германский Император Рудольф II Габсбург пожаловал Великому магистру Ордена Святого Иоанна титул князя "Священной Римской Империи германской нации", что было подтверждено в 1620 г. Императором Фердинандом II. С этого времени звание Великого Магистра Ордена Святого Иоанна было (как и у Верховного магистра Тевтонского Ордена) неразрывно связано с титулом князя "Священной Римской Империи", а в 1630 г. — со статусом, соответствующим рангу Кардинала Святой Римской Церкви с титулом “Eminenza” (“Высокопреосвященство”, хотя некоторые историки переводят его и как “Преимущество”, или “Преимущественнейшая Светлость”).

Таким образом, Орден Святого Иоанна фактически превратился в независимую, суверенную державу, располагавшую 10 000 рыцарей по всей Европе. Военно-морская академия на Мальте считалась лучшей в мире. Сыновья многих правителей проходили там курс обучения. Европейские монархи получали оттуда своих капитанов и адмиралов. Так, по просьбе Императрицы Екатерины II российский военный флот был реорганизован именно мальтийскими рыцарями.

Орден учреждал публичные школы и построил знаменитый Мальтийский коллегиум, который затем получил статус университета. Госпитальеры построили также публичную библиотеку, которая была одной из крупнейших в Европе той поры.

Рыцарский Орден госпитальеров поощрял занятия искусством, музыкой, наукой. Как и на Родосе, Орден основал на Мальте наиболее современные для того времени госпитали, выступив первопроходцем в деле лечения душевнобольных, изучения анатомии и в изоляции инфекционных больных. По традиции пациенты госпитальеров получали намного лучшую пищу, чем обслуживающие их хозяева. Пища и питье им подавались в серебряной посуде. Только если член Ордена сам заболевал или ослабевал телесно, Магистр разрешал ему получать ту же пищу, что и пациенты в госпиталях.

Юридическое положение Ордена Святого Иоанна, как члена международно-правового сообщества, было признано всеми без исключения государствами Западной Европы. Именно в этом качестве субъекта международного права Орден Святого Иоанна был представлен на Вестфальском мирном Конгрессе в 1643 — 1648 гг. , завершившим Тридцатилетнюю войну, на Нюрнбергских переговорах суверенов - участников мирного договора - об условиях его выполнения и на переговорах между сословиями "Священной Римской Империи". Орден Святого Иоанна принимал деятельное участие в заключении Ниймегенского (1678 г. г. ) и Утрехтского (1713 г. ) мирных договоров и в заключении международно-правовых соглашений Речи Посполитой (Польско-Литовского феодального государства) с Российской Империей в 1774 — 1776 гг. и 1797 г.

Мальтийский Орден был представлен постоянными посольствами при крупнейших европейских дворах, например в 1747 г. в Риме, Париже, Мадриде и Вене, и поверенными в делах при дворах меньшей значимости.

Многие французские армейские и морские офицеры, сражавшиеся за независимость североамериканских колоний от британской короны, были мальтийскими рыцарями, как например, бальи Пьер-Андре де Сюффрен де Сен-Тропе(с), рыцарь Большого Креста Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, командор флота Ордена, вице-адмирал Франции, посол Мальтийского Ордена при дворе французского короля и член наследственного Ордена рыцарей Цинцинната, основанного первым Президентом Северо-Американских Соединенных Штатов (ныне - США) Джорджем Вашингтоном и его офицерами.

В Старом Свете более двух столетий корабли рыцарей Ордена крейсировали в Средиземноморье в качестве морских конвоев для защиты от турецких пиратов. Орден построил множество госпиталей для больных и неустанно занимался благотворительностью, помогая слабым и бедным. Мальтийские рыцари доблестно сражались в войсках "Священной Римской Империи" против турок в 1775, 1782 и 1783 гг.

Взаимоотношения между Российской Империей и Суверенным (или, как тогда говорили, Державным; эпитет "Державный" применительно к Ордену Святого Иоанна был впервые введен в употребление в ходе переговоров Ордена с Императором российским Павлом I, желавшим таким образом "поднять статус" Ордена, "приравняв" его к статусу Российской Империи как "равному по чести" партнеру по переговорам) Мальтийским Орденом в XVII — XIX вв. носили весьма разнообразный характер. В течение многих десятилетий, если не сказать — столетий, создавался феномен, который историк Ордена фра Кирилл Туманов назвал “Русской легендой”. Создавалась она из различных элементов, главным из которых были средиземноморские интересы России.