Генерал Барагэ д`Илье овладел крепостью и бухтами Св. Павла и Мальты. Преодолев сопротивление обороняющихся, он захватил батареи, башни и всю южную часть острова, взяв 150 пленных и потеряв убитыми и ранеными до 30 человек. Генерал Дезэ захватил все батареи Марса-Сирокко. К полудню столица Мальты была окружена со всех сторон. Крепость вела огонь по французским войскам, подходившим слишком близко.

Генерал Вобуа почти без сопротивления овладел крепостью Читта Нотабиле. Генерал Ренье захватил о. Гоцо, который оборонял 2000-ный гарнизон, состоявший из местных жителей, и взял в плен всех защищавших остров орденских рыцарей. В час дня французские шлюпы начали выгрузку 12 артиллерийских орудий и всего необходимого для оборудования трех мортирных платформ. В операции участвовали также 6 бомбард и 12 канонерок, вооруженных 24-фунтовыми пушками. Несколько фрегатов вплотную подошли к порту.

Вечером 11 июня французы уже могли бомбардировать город 24 мортирами, одновременно с пяти направлений. Около половины пятого осажденные мальтийцы сделали вылазку. Французы отбросили их, взяв несколько пленных. При первых пушечных выстрелах в городе, за стенами которого укрылась большая часть жителей острова с семьями и скотом, вспыхнула паника. Жителей, желавших выйти из города, французы загоняли обратно. В течение всего 10 июня смута в городе все усиливалась. При получении каждого нового известия о взятии французами орденских батарей и башен жители устраивали беспорядки.

Подготовка французов к бомбардировке возбудила ропот среди ополченцев, не желавших быть свидетелями сожжения своих домашних очагов. Несколько рыцарей было убито толпой на улицах. Гомпеш приказал освободить из тюрьмы главного "пораженца" – командора Боредона де Рансижата - и направил его, вместе со своим секретарем Дубле, на борт "Ориана", с полномочиями на заключение договора о сдаче крепости французам. Те члены Совета, которые особенно энергично призывали к сопротивлению, теперь настаивали на скорейшем заключении мира, ибо являлись в первую очередь мишенью для народного возмущения. . .

И все-таки, сдача Мальты не была, как мы видим, совершенно бескровной, а значит – бесславной! Хотя времена изменились, и не нашлось среди рыцарей Святого Иоанна нового Пьера д`Обюссона, способного воскликнуть, как при обороне Родоса от турок в 1480 г. : "Лучше умрем здесь, нежели отступим! Можем ли мы когда славней за веру умереть?".

Акт о капитуляции был подписан на борту "Ориана" 12 июня в 2 часа ночи. В 8 часов утра того же дня все порты и форты Мальты, а также две галеры, две шебеки и два 64-пушечных линейных корабля ордена (один из которых стоял на рейде, а второй находился на стапелях) были переданы французским войскам. Наполеон взял на эти суда матросов, прежде служивших Ордену.

Из 2000 солдат, служивших ранее Ордену, был составлен т. н. "Мальтийский легион", включенный в состав французской армии. На службу к Наполеону поступили также гренадеры гвардии Великого Магистра и несколько мальтийских рыцарей, давших убедить себя в том, что Наполеон плывет в Египет сражаться с мусульманами, по примеру средневековых крестоносцев. (Заметим в скобках, что сия "крестоносная миссия" не мешала Бонапарту одновременно призывать под свои знамена ближневосточных иудеев, утверждая, будто он идет восстанавливать Израильское царство и Храм Соломонов!).

Трофеи, в т. ч. штандарт Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, были отправлены в Париж с генералом Барагэ д`Илье. Найденная в казнохранилище серебряная посуда, из которой госпитальеры кормили больных (стоимостью в миллион ливров) по прибытии Бонапарта в Каир была перечеканена в монету. Взятые французами на борт "Ориана" серебряные статуи 12 апостолов из собора Святого Иоанна затонули вместе с флагманом в морском сражении при Абкуире.

17 июня Великий магистр Гомпеш отплыл в Триест. На Мальте остался 4000-тысячный французский гарнизон во главе с генералом Вобуа. Все мальтийские рыцари-французы и итальянцы – получили паспорта для въезда во Францию и Италию (находившуюся также под властью французов). По условиям капитуляции, все остальные рыцари эвакуировались с острова.

Несмотря на все последующие попытки Павла I вернуть России Мальту, сделать это не удалось.

Сдача французам Мальты в 1798 г. , потеря почти всего достояния Ордена Святого Иоанна и его казны, как и позорный акт о капитуляции были вменены в вину Фердинанду фон Гомпешу лично, хотя вряд ли было справедливо превращать его в единственного "козла отпущения". Многие рыцари Ордена, принадлежавшие к его различным приорствам и лангам (“языкам”) отправились в поисках убежища во владения своего Протектора — в Россию.

Вот краткая хронология событий тех месяцев, которые развивались довольно стремительно.

27 августа 1798 г. Великое Приорство Российское, заручившись поддержкой около 100 зарубежных кавалеров, пребывавших в России, издало Манифест, которым низложило фон Гомпеша и обратилась к Павлу I с просьбой взять Орден под свою защиту.

В изданном 10 сентября Императорском Указе содержалась ратификация актов Великого Приорства Российского и заявление, что он принимает “весь благомыслящий корпус под Наше верховное правление и Императорским Нашим словом обещаем не только сохранить его во всех установлениях, привилегиях и почестях, но и употребить все старания, от нас зависящие, к восстановлению его в то почтительное состояние, в коем он находясь, споспешествовал пользе всего Христианства вообще и каждого благоразумного государства частно”. Там же указывается, что Петербург впредь “будет являться главным местом проведения ассамблей Ордена” и приглашение всем Языкам и Приорствам, равно как всем членам Ордена “выразить согласие с этим постановлением”.

27 октября 1798 г. собравшиеся в Санкт-Петербурге мальтийские рыцари, члены Великого приорства Российского и другие рыцари Ордена, находящиеся в российской столице, составили Прокламацию, в которой провозгласили Императора-Протектора Великим магистром. Однако Павел I не спешил с принятием этого титула. Он хотел заручиться поддержкой духовного главы Ордена — папы римского Пия VI.

7 ноября 1798 г. в столице Российской Империи городе Санкт-Петербурге состоялось заседание Великого Приорства Российского. Присутствовавшие рыцари признали барона фон Гомпеша виновным "в глупейшей беспечности" и недостойным более носить высокий титул магистра Ордена. На заседании было принято Воззвание, в котором, в частности, говорилось:

“Мы, бальи, Кавалеры Большого Креста, Командоры и Рыцари Великого Российского Приорства, и прочие члены Ордена Св. Иоанна Иерусалимского, собравшиеся в Санкт-Петербурге, главном местопребывании нашего Ордена, как от нашего имени, так и от имени других “языков” Великого Приорства вообще и всех членов, в частности, присоединяющихся к нашим твердым принципам, провозглашаем Его Императорское Величество, Императора и Самодержца всея России Павла I Великим Магистром Ордена Св. Иоанна Иерусалимского.

Следуя этому Воззванию и в соответствии с нашими законами и установлениями, мы берем на себя священно и торжественно обязательство в повиновении, покорности и верности Его Императорскому Величеству, Его Высокопреосвященству Великому Магистру”.

Фердинанд фон Гомпеш был смещен со своего поста, но, как говорилось выше, лишь в 1799 г. , под прямым давлением "римского" (австрийского) Императора Франца, он отказался от своего звания.

5 ноября 1798 г. папа римский написал в Петербург бальи графу Джулио Литта из монастыря Кассини близ Флоренции, что он пришел в ужас, “узнав, что Великий магистр, ради спасения собственных интересов, проявил недостойную слабость, принеся в жертву весь Орден”. И далее ссылаясь на “Декларацию” Павла, папа писал: “мы будем сотрудничать с любой властью, которая необходима, так как в дополнение к напечатанному акту, подписанному Императором, все остальные языки и приории, вместе и по отдельности, приглашаем присоединиться к вышеназванному акту, чтобы Орден мог быть восстановлен в своем былом величии”.

Папа не знал еще о решении капитула Великого Российского Приорства, поэтому заключил письмо следующими словами: “Мы хотели бы узнать, сколько рыцарей из других приорий присоединились к благородному порыву Императора, и какую резолюцию они могут принять в подтверждение этого и в пример другим”.

Только узнав о содержании этого письма, Павел решился на принятие титула Великого магистра, решив, что формальное согласие папы имеется. 13/24 ноября Император принял этот титул. "Мы принимаем титул Великого Магистра этого Ордена, и в связи с этим возобновляем личные обещания, которые Мы делали ранее в качестве Протектора, а именно — на вечно сохранить неприкосновенными все учреждения и привилегии этого знаменитого Ордена, как в отношении свободного отправления религиозных и различных контактов с этим связанным, которые вытекают отсюда для Рыцарей католического вероисповедания, так и в смысле юрисдикции Ордена, местопребывание которого Мы назначаем в Нашей Императорской Резиденции; сообщаем также о том, что Мы не прекратим в будущем употреблять Наше влияние для роста Ордена. . . "

Церемония состоялась в Зимнем Дворце и на Павла I были возложены все знаки достоинства Гроссмейстера (Великого магистра), хотя формального посвящения его в рыцари Ордена так и не произошло. Посредством дипломатических нот этот факт был доведен до сведения иностранных государств.

С тех пор мальтийский крест прочно вошел в символику Русской Императорской армии – начиная со штандартов и знамен и кончая полковыми знаками.

Почти все светские правительства Западной Европы, кроме Франции и Испании, проводившей в тот период откровенно профранцузскую политику, признали нового Гроссмейстера. В пользу этого признания свидетельствует и тот факт, что данное международное решение получило инаугурацию ни кем иным, как "первейшим из первых" среди коронованных особ Европы – Императором Священной Римской Империи Германской Нации и Апостолическим Королем Венгрии Францем, протектором Великого Приорства Богемского; "римский цесарь" пошел еще дальше в своем признании законности нового Гроссмейстера Мальтийского Ордена, повелев конфисковать у Гомпеша священные реликвии Ордена, которые прежний Гроссмейстер сохранил, найдя убежище в Австрии.

Среди реликвий Ордена были: корона Гросcмейстера, крест, сделанный по образцу Cвятого Истинного Креста в золотой оправе, украшенный драгоценными каменьями; десница (правая рука) Святого Иоанна Крестителя, помещенная в особом ковчеге, украшенном самоцветными камнями (этой реликвией в Византийской Империи Патриархи Константинопольские поставляли, т. е. возводили в сан, Митрополитов Православной Греческой Церкви); маленькая икона Богоматери Филермской в золотой рамке с бриллиантами, а также медальон, с вделанным в него шипом из тернового венца Спасителя, который, согласно орденской традиции, принадлежал Гроссмейстеру Ла Валетту.

В августе 1799 г. депутация мальтийских рыцарей была принята в Петергофе Всероссийским Императором Павлом I, Великим магистром Державного Мальтийского Ордена. Рыцари просили его принять святыни Ордена в знак благодарности за оказанные русским Императором благодеяния и заботу. Павел решил отметить это событие с особой торжественностью.

В сентябре двор перебрался на осеннее время в Гатчину, на 12 октября было назначено бракосочетание Великой Княжны Елены Павловны. На этот же день были назначены и торжества перенесения орденских святынь.

В 10 часов утра из Гатчинского дворца по направлению к Ингенбургу, где находились представители Мальтийского Ордена, выехал Императорский кортеж. После встречи депутации и краткого молебна, все повернули обратно во дворец. Во главе крестного хода торжественно шествовало духовенство, за которым в золотой карете ехал граф Джулио Ренато Помпео Литта, везший на красной бархатной подушке золотой ковчег с частью десной руки Иоанна Крестителя. За графом следовали мальтийские рыцари, везшие небольшую икону Божией Матери Филермской и частицу Креста, на котором был распят Спаситель. Рядом с каретой Джулио Литта в парадном облачении Великого Магистра шел Император, которого сопровождали родовые Командоры и рыцари Великого приорства Российского.

По прибытии к дворцу Император Павел I сам взял золотой ковчег и внес его в дворцовую церковь, где святыня была положена на отведенное для нее место.

В память этого события Русская Православная Церковь установила 12 (25 по новому стилю) октября празднование перенесения из Мальты в Гатчину части древа Животворящего Креста Господня, Филермской иконы Божией Матери и десной руки Св. Иоанна Крестителя.